В 1938 году в числе многих команд КФК — участниц отборочных игр Кубка СССР было и уфимское «Динамо», выбывшее после первого же матча[1][2].
В 1947 году уфимцы дебютировали в турнирах команд мастеров — «Крылья Советов» выступили в 1-й зоне РСФСР второй группы первенства СССР (где заняли последнее место) и в Кубке СССР (точнее говоря, эта команда представляла Черниковск — в те годы отдельный от Уфы город, объединённый с нею в 1956 году). Затем уфимский футбол «ограничился» первенством РСФСР среди КФК, где был представлен командами СК им. Н. Гастелло, «Спартак»[3] и «Динамо».
В 1957 году в классе «Б» появилась команда «Нефтяник» Уфа, в 1958 году она называлась «Девон», с 1959 — «Строитель». В 1957—1958 гг. команда базировалась на стадионе «Динамо».[4] 26 июля 1958 года в Уфе команда провела первый в истории башкирского футбола международный товарищеский матч — с проводившим турне по СССР представителем высшей лиги ГДР — ФК «Мотор» Йена (1:1).[5] Под названием «Строитель» уфимская команда мастеров была аффилирована с трестом «Башнефтезаводстрой» и стала проводить домашние матчи на стадионе «Строитель».[4] В 1964 году «Строитель» стал вторым в зональном турнире и выступил в полуфинале РСФСР (4-е место из 6 команд). В 1965 году команда c 3-го места в зоне вышла в полуфинал, а затем и финал первенства РСФСР, где стала 4-й из 4-х команд. С 1966 — во второй группе класса «А». С 1971 года — во второй лиге. В 1970 году Уфу в первенстве СССР также представлял «Уфимец» (класс «Б», 3-я зона РСФСР).
Первый сезон в тогдашнем «втором эшелоне» советского футбола, в 1966 году, «Строитель» провёл уверенно, заняв третье место в одной из трёх подгрупп; однако в последующие сезоны команда неизменно занимала места в нижней части турнирной таблицы (относительно неплохим можно считать 10-е место зонального турнира второй лиги в 1975 году).
Начиная с сезона-1977 вместо «Строителя» Уфу во второй лиге СССР представляла команда спортивного клуба имени Николая Гастелло при Уфимском моторостроительном производственном объединении; значительная часть игроков «Строителя»-1976 перешла в эту команду.
В конце 80-х — начале 90-х «Гастелло», выступавший в «буферной» лиге, имел репутацию «кубковой команды»: дважды доходил до полуфиналов Кубка РСФСР (уступал оба раза «Торпедо» (Рубцовск) и «Океану» (Находка)), в Кубках СССР выбывал в упорных играх с клубами из первого и высшего дивизионов.
Наивысшее достижение в Кубке СССР — 1/8 финала (1990/91). В 1/16 финала следующего розыгрыша осенью 1991 года команда играла против московского «Спартака». Результаты игр: 2:4 в Уфе и 1:2 в Москве, причём в Москве победный гол спартаковцы забили лишь на 89-й минуте. Все три гола в ворота «Спартака» в этих играх забил полузащитник А. Слободич.
Во второй лиге СССР «Гастелло» выступал до 1991 года включительно. В 1992 году, после распада СССР, команда была включена в первую лигу России, однако по итогам сезона покинула её, заняв предпоследнее место в зоне «Центр». Сезон-1993 уфимцы, под названием КДС «Самрау», провели во второй лиге; затем, по итогам реорганизации лиг, оказались в новосозданной третьей лиге, где провели два сезона (1994 — под названием «Эстель», 1995 — «Агидель»).
Во второй половине 90-х на первую роль в башкирском футболе вышел «Содовик» из Стерлитамака, а Уфа на несколько лет осталась без профессионального футбола. В 2000 и 2001 годах в уральской зоне первенства КФК выступал уфимский «Строитель». «Строитель» трижды занимал второе место в зональном турнире КФК (из 3-х проведённых сезонов). В 2002 году уфимский «Строитель» был включён в число участников второго дивизиона, где провёл четыре сезона (по ходу сезона, 06.10.2003 сменил название на «Нефтяник»). В 2006 году Уфа вновь на некоторое время осталась без профессионального футбола.
