На карте Санкт-Петербургской губернии Ф. Ф. Шуберта 1834 года упоминается как деревня Пустомержа на реке Пустомержа, состоящая из 35 крестьянских дворов. При деревне обозначены две водяных мельницы[10].
В пояснительном тексте к этнографической карте Санкт-Петербургской губернии П. И. Кёппена 1849 года она записана как деревня Pustoperä (Пустомержа) и указано количество её жителей на 1848 год: савакотов — 12 м п., 13 ж. п., всего 25 человек, русских — 257 человек[12].
На карте профессора С. С. Куторги 1852 года обозначена как деревня Пустомержа из 33 дворов[13].
ПУСТОМЕРЖИ БОЛЬШИЕ — деревня графини Зубовой, 10 вёрст почтовой, а остальное по просёлочной дороге, число дворов — 36, число душ — 97 м. п.[14] (1856 год)
БОЛЬШАЯ ПУСТОМЕРЖА — деревня, число жителей по X-ой ревизии 1857 года: 101 м. п., 130 ж. п., всего 231 чел.[15]
Деревня Пустомержа на карте 1860 года
Согласно «Топографической карте частей Санкт-Петербургской и Выборгской губерний» в 1860 году деревня называлась Пустомержа и насчитывала 37 дворов. В деревне находились Мыза Тизенгаузена и Мыза тайного советника Веймарна, а также две водяных мельницы на реке под названием Пустомержа[16].
БОЛЬШАЯ ПУСТОМЕРЖА — деревня владельческая при реке Нейме, по левую сторону Рожественского тракта, число дворов — 35, число жителей: 92 м. п., 125 ж. п.[17] (1862 год)
БОЛЬШАЯ ПУСТОМЕРЖА — деревня, по земской переписи 1882 года: семей — 40, в них 123 м. п., 130 ж. п., всего 253 чел.[15]
Согласно материалам по статистике народного хозяйства Ямбургского уезда 1887 года мыза Пустомержа площадью 1109 десятин принадлежала княгине Л. А. Оболенской, мыза была приобретена до 1868 года, княгиня сдавала в аренду право охоты, кузницу и 3 дачи; кроме того, имение при селении Большая Пустомержа площадью 1 десятина принадлежало вдове ямбургского мещанина Л. Е. Крыловой, имение было приобретено в 1879 году за 50 рублей, в имении был постоялый двор и лавка[18].
БОЛЬШАЯ ПУСТОМЕРЖА — деревня, число хозяйств по земской переписи 1899 года — 44, число жителей: 117 м. п., 131 ж. п., всего 248 чел.; разряд крестьян: бывшие владельческие; народность: русская — 240 чел., финская — 8 чел.[15]
В 1900 году, согласно «Памятной книжке Санкт-Петербургской губернии», мыза Пустомержа площадью 1104 десятины принадлежала княгине Лидии Александровне Оболенской[19].
В конце XIX — начале XX века деревня административно относилась к Ястребинской волости 1-го стана Ямбургского уезда Санкт-Петербургской губернии. По приходским данным население деревни было смешанным — финско-русским[20].
По данным «Памятной книжки Санкт-Петербургской губернии» за 1905 год мызой Пустомержа владела княгиня Лидия Александровна Оболенская. Кроме того отрез земли мызы Пустомержа принадлежал князю Михаилу Владимировичу Оболенскому, а часть земель деревни Большая Пустомержа — царскосельскому купцу 2-й гильдии Исааку Александровичу Семёнову[21].
С 1917 по 1927 год деревня Большая Пустомержа входила в состав Пустомержского сельсовета Ястребинской волости Кингисеппского уезда.
Согласно данным переписи населения СССР 1926 года в деревне Пустомержа проживали 276 человек — большинство русские, а также эстонцы, латыши и поляки[22].
С февраля 1927 года в составе Кингисеппской волости. С августа 1927 года в составе Кингисеппского района[23].
План деревни Большая Пустомержа. 1930 год
Согласно топографической карте 1930 года деревня называлась Пустомержа и насчитывала 75 дворов.
По данным 1933 года деревня Большая Пустомержа являлась административным центром Пустомержского сельсовета Кингисеппского района, в который входили 10 населённых пунктов: деревни Большая Пустомержа, Брюмбель, Выбеги, Корпово, Малая Пустомержа, Мануйлово, Онстопель, Проложки, Торма, Хорошево, общей численностью населения 1388 человека[24].
По данным 1936 года в состав Пустомержского сельсовета входили 14 населённых пунктов, 375 хозяйств и 3 колхоза[25].
Согласно топографической карте 1938 года деревня называлась Большая Пустомержа и насчитывала 81 двор. В деревне находились: сельсовет, школа и МТС[1].
C 1 августа 1941 года по 31 января 1944 года деревня находилась в оккупации[26].
В 1958 году население деревни Большая Пустомержа составляло 196 человек[23].
По данным 1966 и 1973 годов деревня Большая Пустомержа также находилась в составе Пустомержского сельсовета и являлась его административным центром[27][28].
По данным 1990 года деревня Большая Пустомержа являлась административным центром Пустомержского сельсовета, в который входили 19 населённых пунктов общей численностью населения 2110 человек. Население деревни Большая Пустомержа составляло 1006 человек[29].
В 1997 году в деревне Большая Пустомержа проживали 1287 человек, в 2002 году — 1270 человек (русские — 91 %), в 2007 году — 1399[30][31][32].
География
Деревня расположена в юго-восточной части района на автодороге 41А-186 (Толмачёво — автодорога «Нарва») в месте примыкания к ней автодороги 41К-188 (Гостицы — Большая Пустомержа).