Родился 22 сентября (4 октября) 1890 года в Гродно (ныне — Белоруссия) в семье старшего врача окружной лечебницы, титулярного советника Николая Дмитриевича Беклемишева. В 1900 поступил в Гродненскую гимназию, которую окончил с золотой медалью в 1908 году. В 1913 году по окончании Императорского Санкт-Петербургского университета был оставлен В. А. Догелем при кафедре зоологии и сравнительной анатомии «для подготовки к профессорскому званию». В 1914 году участвовал в Каспийской экспедиции Н. М. Книповича, где собрал очень большой материал по турбелляриям.
С 1922 по 1932 год — зав. кафедрой зоологии беспозвоночных Пермского университета[2]. Кроме того, был директором Камской биологической кафедры при Биологическом институте (1924—1931).
В Пермском университете разработал курс лекций, вошедших в учебник «Основы сравнительной анатомии беспозвоночных», за что в 1946 году был удостоен Сталинской премии. В 1924 году взял на себя руководство энтомологической частью вновь организованной малярийной станции при Пермском санитарно-бактериологическом институте. С 1924 года в связи с распространением малярии на Урале основное внимание в исследованиях уделял изучению природных условий распространения малярийного комара[3].
С 1932 года — заведующий отделом энтомологии Института малярии и медицинской паразитологии в Москве (ныне — Институт медицинской паразитологии и тропической медицины им. Е. И. Марциновского), с 1934 года — профессор кафедры зоологии и сравнительной анатомии МГУ.
Беклемишев В. Н. (Ред.). Учебник медицинской энтомологии. Часть I, II. — М.: Медгиз, 1949.
Беклемишев В. Н. Биоценологические основы сравнительной паразитологии / Отв. ред. К. А. Бреев; Худож. А. А. Люминарский; АН СССР. — М.: Наука, 1970. — 504 с. — 2200 экз.
Беклемишев В. Н. Методология систематики / Отв. ред. Г. Ю. Любарский. — М.: Т-во науч. изд. КМК, 1994. — 256 с. — 1000 экз. — ISBN 5-87317-005-3.
Медицинская паразитология и паразитарные болезни,1960. — Вып. 6. — С. 752—753.
Сталинская премия второй степени (1946) — за научный труд «Основы сравнительной анатомии беспозвоночных» (1944)
Сталинская премия первой степени (1952) — за разработку и внедрение в практику здравоохранения комплексной системы мероприятий, обеспечившей резкое снижение заболеваемости малярией в СССР и ликвидацию её как массового заболевания, в ряде республик и областей
Под нами жила семья — академик Владимир Николаевич Беклемишев и его жена Нина Петровна. Бесстрашные люди. В ночь, когда папу забрали, весь подъезд это слышал — обыск был, гэбэшники выходили курить на лестницу. После окончания обыска маму тоже увезли, и когда она вернулась — через сутки — к нам пришла Нина Петровна Беклемишева, предложила денег и просила обращаться к ним за помощью при любой необходимости. Это был акт невероятного мужества. С нами ведь боялись здороваться во дворе — люди опускали головы и проходили мимо. И только Владимир Николаевичи Беклемишев всякий раз демонстративно кланялся маме в пояс[7]
Биологи: Биографический справочник / Авторы: Т. П. Бабий, Л. Л. Коханова, Г. Г. Костюк и др.; Отв. ред. Ф. Н. Серков. — Киев: Наукова думка, 1984. — С. 52. — 816 с. — 27 500 экз.
Вопросы общей зоологии и медицинской паразитологии: к 70-летию со дня рождения В. Н. Беклемишева: Сб. ст. / под ред. П. Г. Сергиева. — М.: Медгиз, 1962. — 611 с.
Григорьев С. В. Биографический словарь. Естествознание и техника в Карелии. — Петрозаводск: Карелия, 1973. — С. 252. — 269 с. — 1000 экз.
Мирзоян Э. Н. Становление экологических концепций в СССР: Семь выдающихся теорий. — М.: УРСС, 2012. — 632 с. — ISBN 978-5-397-03501-9. (Д. Н. Кашкаров, В. В. Станчинский, С. А. Северцов, В. Н. Беклемишев, Л. Г. Раменский, Р. Ф. Геккер, Л. С. Берг).
Музрукова Е. Б., Чеснова Л. В. Владимир Беклемишев — пророк XX века. — М.: Изд-во «Academia», 2009. — 304, [8] с. — (Монографические исследования: история науки). — 1000 экз. — ISBN 978-5-874444-330-6.[1]