De stamreeks van de Amsterdamse tak begint met Dirck Jansz. van Boeningen/Beuningen (ca. 1530-voor 1583) die in Nijmegen werd geboren en naar Amsterdam trok en daar kaaskoper werd. Hij kreeg twee volwassen geworden zonen: Geurt Dircksz. van Beuningen die koopman was en fortuin maakte, ook in de handel met de VOC; hij zetelde vanaf 1606 in het stadsbestuur van Amsterdam.
In de 19e eeuw werden leden mede-oprichters van de SHV en actief in het Rotterdamse bedrijfsleven. Voorts leverde het een kunstverzamelaar die de basis legde voor het Museum Boijmans-Van Beuningen. Een andere tak leverde belangrijke landeigenaren in de provincie Utrecht.
Enkele telgen
Oudste generaties
Dirck Jansz. van Boeningen/Beuningen (ca. 1530-voor 1583), kaaskoper
Jan Dircksz. van Beuningen (1560-1629), bode en afslager van de Amsterdamse Weeskamer, uit wie de hierna volgende jongere generaties
Elisabeth Catharina Petronella van Beuningen (1872-1963); trouwde in 1893 met Dirk Catharinus Hasselman (1865-1942), burgemeester
Jane Julia Mary Elizabeth van Beuningen (1874-1944); trouwde in 1895 met Johannes Mattheus Benteijn (1869-1946), luitenant-generaal-titulair der cavalerie, inspecteur wapen der cavallerie, Gouverneur der Residentie
Daniel George van Beuningen (1877-1955), directeur Steenkolen Handelsvereeniging N.V., oprichter en directeur N.V. Mij. Vrachtvaart en N.V. Nederlandse Benzol-Maatschappij, kunstverzamelaar en medegrondlegger van het Museum Boijmans-Van Beuningen
Ir. Frederik Willem Herman van Beuningen (1884-1955), directeur Machinefabriek en Scheepswerf van P. Smit Jr. N.V., dijkgraaf polder Varkensoord en Karnemelksland
Jacoba Albertine Christine Ruth Wilhelmine van Beuningen (1912-2006); trouwde in 1935 met mr. Willem Frederik Petrus Corneiius Viëtor (1911-1975), directeur L. Smit & Co’s Internationale Sleepdienst
Elise Mathilde van Beuningen (1890-1941), stichter in 1935 van het Elise Mathilde Fonds; trouwde in 1940 met Cornelis Rudolphus Theodorus baron Kraijenhoff (1865-1948), voorzitter en erevoorzitter Algemeen Nederlands Verbond voor Vreemdelingenverkeer, lid dagelijks bestuur Koninklijke Nederlandse Toeristenbond A.N.W.B