Op de Olympische Zomerspelen 2000 in Sydney won hij een zilveren medaille.[1][2] In 2002 won hij de eindzege in de Wereldbeker[3] en in 2003 werd hij wereldkampioen.[4] Bij de Wereldbeker mountainbike in Mont-Saint-Anne (Canada) die Meirhaeghe won, werd hij betrapt op het gebruik van het verboden stimulerend middel epo.[5][6][7] Hij werd 15 maanden geschorst[8][9], maar maakte zijn rentree op 19 februari 2006 tijdens de strandrace van Oostduinkerke.[10] In 2007 reed hij voor de ploeg Landbouwkrediet-Colnago. Op 3 mei 2009 reed hij in Houffalize zijn laatste WB-wedstrijd mountainbike.[11]
Bij de Wielerbond coacht hij de MTB-jongeren en voor Emolife Belgium cvba is hij projectleider van allerlei MTB evenementen voor het goede doel. Zo begeleidde hij de Senegal Classic voor Vredeseilanden en de Duchenne Heroes in België, ten voordele van het onderzoek naar een behandeling van de spierdystrofie van Duchenne, die jongetjes treft. In 2016 werd hij bondscoach van de Belgische mountainbikers.[12]
Hij bezit het diploma van graduaat Marketing aan de Hogeschool Gent en is de auteur van het boek Positief, uitgegeven door Davidsfonds, waarin hij het verhaal doet vanaf zijn jeugd tot aan zijn positieve plas in de bungalow van het Wereldantidopingagentschap (WADA).[17] Meirhaeghe zet zich ook in voor enkele goede doelen, zoals het Kinderkankerfonds. Hij schreef ook het boek De comeback. In 2012 werd Filip Meirhaeghe winnaar van het tv-programma Eeuwige Roem. In de finale haalde hij het van motorcrosser Stefan Everts en tennisser Kristof Vliegen.
Palmares
Overzicht belangrijkste prestaties
Belgisch kampioen in 1996, 1998, 2001 en 2006
Parijs-Roubaix mountainbike in 1997 en 2002
Wereldkampioenschap in 1998 (brons), 1999 (brons), 2002 (zilver), 2003 (goud)