Lo USS Jefferson City con la portaerei USS Enterprise (in alto a sinistra), il cacciatorpediniere USS Hewitt (in alto al centro) e l'incrociatore USS California (in alto a destra), durante le operazioni nel Golfo Persico il 22 settembre 1996.
Il Jefferson City, nel 1998, completò due dispiegamenti con il USS Abraham LincolnBattle Group, il primo dal 28 al 31 marzo e il secondo dal 2 al 7 aprile.[5]
Il 1º maggio 2006 il sottomarino classe Los Angeles fece ritorno alla base navale di Point Loma dopo uno spiegamento di sei mesi nel Pacifico occidentale a sostegno degli obiettivi di sicurezza nazionale. Fece scalo a Guam, Singapore, Hawaii, Yokosuka e Sasebo.[5]
Il 10 aprile 2010 il Jefferson City tornò a San Diego dopo un dispiegamento durato sei mesi nelle aree di responsabilità (AoR) della 5ª e 7ª flotta degli Stati Uniti. Il sottomarino percorse più di 40.000 miglia nautiche e fece scalo a Manama (Bahrein) e Singapore.[5]