Questi siti, costruiti tra il XVI e il XIX secolo, testimoniano le attività dei primi missionari cattolici nel Giappone e della storia successiva dei cristiani giapponesi, caratterizzata dalla proibizione, dalla persecuzione e infine dalla riapertura e dalla rinascita del culto cristiano dopo il 1853. In particolare sono testimonianze uniche della tradizione culturale dei kakure kirishitan (i "cristiani nascosti") della regione di Nagasaki, che per sfuggire alle persecuzioni trasmisero segretamente la loro fede per generazioni, dal XVII al XIX secolo.
Il cristianesimo giunse in Giappone nel 1549 per opera del missionario gesuitaFrancesco Saverio. Diffondendosi a partire da Nagasaki, la nuova fede conquistò molti convertiti, tra cui alcuni daimyō. Nel corso del XVI secolo la comunità cattolica crebbe fino a superare le 300.000 unità: per essi venne istituita nel 1588 la diocesi di Funay. Toyotomi Hideyoshi e in seguito Tokugawa Ieyasu perseguitarono i nobili che si professavano cristiani. Dopo la rivolta di Shimabara del 1637-1638, repressa nel sangue, alla pratica della persecuzione dei cristiani si aggiunse la politica del sakoku, cioè la chiusura del paese agli stranieri, che durò per oltre due secoli e impedì ai cristiani giapponesi, ormai costretti a vivere in clandestinità (i cosiddetti kakure kirishitan), di avere qualunque contatto con le gerarchie ecclesiastiche o con altri cristiani. L'apertura del bakumatsu e il successivo periodo Meiji permisero di riattivare l'attività missionaria cristiana e di far riemergere legittimamente i cristiani nascosti. La cattedrale di Oura nel 1864 fu la prima chiesa cristiana ricostruita in quel periodo.
