La Saalijalgpalli Meistriliiga 2006-2007 è stato il primo campionato estone di calcio a 5. La formula prevedeva una prima fase costituita da quattro gironi all'italiana ciascuno dei quali qualificava le prime due squadre alla fase play-off a eliminazione diretta. La vittoria è andata al Tallinna FC Anzhi che in finale ha battuto il Tallinna FC Ararat per 3-2.
