Il 24 marzo 1999 sono iniziati i bombardamenti aerei della NATO sulla RF Jugoslavia. Ciò ha portato all'interruzione della stagione 1998-99 dopo la disputa della 24ª giornata del campionato (gare del 20 marzo). Il 14 maggio il torneo è stato definitivamente interrotto ed il 12 giugno il Partizan è stato dichiarato campione.
Le squadre di etnia albanese del Kosovo abbandonano il sistema calcistico jugoslavo (mentre quelle di etnia serba rimangono).
Il campionato viene ufficialmente sospeso il 14 maggio 1999 a seguito dei bombardamenti della NATO. Il 12 giugno 1999 il Partizan viene dichiarato campione.
Il Prishtina abbandona il sistema calcistico jugoslavo e si trasferisce in quello kosovaro.
Giocate 24 giornate su 34, il campionato viene ufficialmente sospeso il 14 maggio 1999 a seguito dei bombardamenti della NATO (ultima giornata di campionato giocata il 20 marzo).