Il 24 marzo 1999 sono iniziati i bombardamenti aerei della NATO sulla RF Jugoslavia. Ciò ha portato all'interruzione della stagione 1998-99 dopo la disputa della 21ª giornata del campionato. Quest'ultimo non è stato terminato e sono state promosse in Prva liga 1999-2000 le prime due in classifica di ciascun girone al momento dell'interruzione. Ad eccezione del Viner Broker di Niška Banja, nessuna squadra è stata retrocessa. La Druga liga 1999-2000 sarà articolata su 3 gironi, grazie alla promozione di 23 squadre dalla Treća liga.[2]
Le squadre di etnia albanese del Kosovo abbandonano il sistema calcistico jugoslavo (mentre rimangono quelle di etnia serba).
Girone Ovest
Profili
Užice
NoviPazar
Javor
Sutjeska Čelik
Požarevac
Kraljevo
Berane
Lučani
Valjevo
Pljevlja
Loznica
Čačak
Zeta
Lovćen
Bane
Lajkovac
Gnjilane
Ubicazione delle squadre della Druga liga Ovest 1998-99
Tre punti a vittoria, uno a pareggio, zero a sconfitta.
In caso di arrivo di due o più squadre a pari punti per le posizioni di promozione o retrocessione, la graduatoria viene stilata secondo gli scontri diretti tra le squadre interessate.
Girone Est
Profili
Belgrado
Kikinda
Kruševac
NoviSad
Pančevo
Bor
Apatin
Bečej
Čelarevo
Paraćin
NiškaBanja
Vrbas
Kolubara
A Belgrado:
Čukarički Zvezdara FK Beograd Hajduk Palilulac Radnički
Ubicazione delle squadre della Druga liga Est 1998-99
Tre punti a vittoria, uno a pareggio, zero a sconfitta.
In caso di arrivo di due o più squadre a pari punti per le posizioni di promozione o retrocessione, la graduatoria viene stilata secondo gli scontri diretti tra le squadre interessate.