Jean Balue nacque intorno al 1421 nella casa paterna di Angles-sur-l'Anglin, nei pressi di Montmorillon, nel Regno di Francia. Il suo cognome è anche elencato come La Balue, de La Balue, e anche come Balve. Talvolta venne anche indicato come Il cardinale di Angers. Il padre era Thomassin Balue, che portava il titolo di Châtelain procureur et receveur de la Baronnie d'Angles, ossia Procuratore castellano della Baronia di Angles.
Come promesso, venne creato cardinale nel concistoro del 18 settembre 1467, da Papa Paolo II. I nomi di tutti i cardinali vennero pubblicati dal Papa il giorno successivo, 19 settembre, nella Basilica di San Marco a Roma. Al momento della pubblicazione, il neo-cardinale Balue non era presente, probabilmente per difficoltà legate alla lontananza. Come ringraziamento per il sostegno e per la nomina, il 1º ottobre 1467, il porporato presentò al Parlamento di Parigi una dichiarazione per l'abrogazione della Prammatica Sanzione di Bourges. Il 6 aprile 1468 partecipò, seduto alla destra del Re, agli Stati generali, convocati a Tours. Il Papa diede il compito al cardinaleAlain de Coëtivy di assegnare, con un permesso speciale, il titolo presbiterale di Santa Susanna al cardinal Balue durante una cerimonia, che ebbe luogo il 13 maggio 1468.
La sua influenza ed amicizia con il Re di Francia sarebbe però finita improvvisamente dopo uno spiacevole episodio: quando il cardinale Jean Balue si alleò con Antoine de Chabannes, Conte di Dammartin, contro il BaroneCharles de Melun, lo stesso che gli presentò il sovrano francese, fu l'inizio della fine. Essi accusarono Melun di vendere cariche pubbliche e di aver mosso intrighi giuridici. Inoltre Luigi XI, dopo aver ripensato all'episodio delle duecento lance, ricordò che Melun trattenne il marescialloRouhault di Parigi durante la battaglia di Montlhery. Infine Balue accusò Melun di avere rapporti con il Duca di Bretagna. Queste accuse convinsero il Re a far decapitare Melun, in data 22 agosto 1468, a Les Andelys.
Il Consigliere di Luigi XI, durante un colloquio a Péronne, alla presenza del sovrano francese e anche di Carlo il Temerario, Duca di Borgogna, riferì di aver intercettato delle lettere, il 15 aprile 1469, che provavano la colpevolezza del cardinale Balue nell'aver inventato le false accuse su Melun, e quindi di averlo fatto decapitare. Dopo essere venuto a conoscenza del contenuto delle lettere, il Re, furioso, ordinò che il cardinale Jean Balue venisse privato di tutti i suoi beni ed imprigionato. Così avvenne, e il porporato venne arrestato ad Amboise e imprigionato a Loches. Più tardi, venne trasferito nel Castello di Onzain, nei pressi di Blois, dove rimase incarcerato per undici anni in una gabbia di ferro. Il cardinale chiamava la prigionia in quelle catene "Le Fillettes du Roi". Venne anche privato della carica di vescovo di Angers che, pur senza l'approvazione del Papa, venne assegnata prima al vescovoJean de Beauveau, che tenne la carica dal 1476 al 1479, e poi ad Auger de Brie, che la tenne dal 1479 al 1480. Essendo stato imprigionato, non poté partecipare al Conclave del 1471, che elesse al Soglio pontificio Francesco della Rovere, che divenne Papa con il nome di Sisto IV.
Il Re Luigi XI, avrebbe voluto però condannarlo a morte, e l'unica cosa che gli impedì di raggiungere il suo obbiettivo fu Papa Sisto IV, che mal tollerava l'idea della condanna a morte di un Cardinale di Santa Romana Chiesa. Nel 1472, il cardinaleBasilio Bessarione, Legato pontificio in Francia, chiese invano la liberazione del cardinale Balue, richiesta che venne immediatamente respinta. Nell'agosto 1480, il cardinale Giuliano della Rovere, nuovo Legato pontificio in Francia e futuro Papa Giulio II, riuscì a persuadere il monarca francese a restituire la libertà al porporato, da anni imprigionato, a condizione che lasciasse la Francia.
Il cardinale Balue, dopo essere stato nominato Legato a latere in Francia, l'8 ottobre 1483, decise di accettare la proposta di ritornare in patria di Carlo VIII e lasciò Roma il 13 ottobre successivo. In suo nome, venne organizzato un sontuoso ricevimento ad Angers da parte del Re, in data 24 luglio 1483. Dopo la morte di Papa Sisto IV, trovandosi in Francia, decise di non partecipare al Conclave del 1484, che elesse il cardinale Giovanni Battista Cybo, che prese il nome di Innocenzo VIII. Il 13 ottobre 1484, oltre alla diocesi di Angers, di cui aveva ripreso possesso nel 1480, gli venne assegnata anche la sede di Autun, da cui si dimise nell'aprile 1490.