Nel 1995 è stato nominato professore di teologia morale presso il pontificio seminario maggiore di Santiago del Cile e delle facoltà di teologia della pontificia università cattolica del Cile. Nel 1997 è divenuto anche docente di antropologia e bioetica teologica e di insegnamento della Chiesa presso la facoltà di medicina della pontificia università cattolica del Cile[1].
Il 2 agosto 2007 è stato nominato membro ordinario della Pontificia accademia per la vita[3]; mentre il 22 giugno 2010 è stato nominato membro del consiglio direttivo del medesimo istituto[4].
Nel Conferenza Episcopale del Cile è membro di diverse commissioni: commissione nazionale di bioetica, commissione nazionale per l'autofinanziamento della Chiesa e commissione nazionale per la ricostruzione delle Chiese. Inoltre presiede la commissione dottrinale.
È autore di libri e numerosi articoli, con particolare riferimento alla bioetica e all'etica d'impresa.
Il 19 dicembre 2021, in occasione dell'elezione di Gabriel Boric a nuovo presidente del Cile, ha auspicato che il nuovo presidente valorizzi «la famiglia come il luogo in cui le persone imparano a crescere» e che agisca con decisione a favore dei più vulnerabili e deboli della società; ha anche incoraggiato il neo-presidente a promuovere l'occupazione, «perché è una strada privilegiata per superare la povertà che affligge tanti cileni»[12].
Fernando Natalio Chomalí Garib, La misericordia de Dios:filiación divina y fraternidad humana en el magisterio de Juan Pablo II, Roma, Pontificia Università Gregoriana, 1994.
Fernando Natalio Chomalí Garib, Proyecto Genoma humano:presente y perspectivas futuras, Santiago del Cile, Pontificia Universidad Católica de Chile, 2005, ISBN978-9561510821.
Fernando Natalio Chomalí Garib, Reflexiones, Santiago del Cile, Martita Fresno Mackenna, 2009, ISBN978-9563322354.
Fernando Natalio Chomalí Garib, Bioética: el valor de la vida humana a la luz de la razón y la fe, Santiago del Cile, Mercurio Aguilar, 2009, ISBN978-9562397155.
Fernando Natalio Chomalí Garib, Dios anda por estos lados, yo lo he visto, Santiago del Cile, Universidad Católica de la Santísima Concepción, 2012.