Era figlio del nobile Teodoro Trivulzio e di Giovanna Maria Grimaldi, figlia di Ercole di Monaco. Il suo nome di battesimo fu un omaggio al nonno materno. Alla morte della madre, suo padre intraprese la carriera ecclesiastica e venne in seguito creato cardinale.
La sua carriera militare ebbe inizio nelle schiere della Spagna al tempo delle guerre di Lombardia e la sua fedeltà venne ricompensata con diversi incarichi: dapprima col grado di capitano, nel 1646 come generale delle milizie forensi, nel 1649 come ambasciatore a Roma, nel 1650 governatore delle milizia del Ducato di Milano e quindi nel 1656 fu governatore di Lodi.
Ercole Teodoro sposò nel 1641 Orsina Sforza di Caravaggio (1622[4]-di parto, 18 aprile 1654[5]), figlia del marchese Giovanni Paolo II Sforza di Caravaggio e di sua moglie, Maria Aldobrandini. La coppia ebbe i seguenti eredi:
Giovanna (17 febbraio 1648-?), monaca "suor Ercola Maria"
Antonio Teodoro (23 gennaio 1649–26 luglio 1678), III principe di Musocco, militare, sposò nel 1668 Maria Josefa Teresa Vélez de Guevara (1644-?); non ebbe figli e suo erede fu il cugino Antonio Teodoro Gaetano Gallio Trivulzio
Maria Agata Dorotea (14 maggio 1650-6 marzo 1730), sposò nel 1670 Giuseppe Serra, I duca di Cassano
Caterina (31 luglio 1651–18 dicembre 1724), sposò nel 1670 Giuseppe Antonio Ayerbe d'Aragona, principe di Cassano
^Gianvittorio Signorotto, Milano spagnola, Sansoni, 1996, p.145.
^Bruno Anatra, Giovanni Murgia, Sardegna, Spagna e Mediterraneo: dai re cattolici al secolo d'oro, Carocci, 2004, p.284.
^Ernst Adalbert von Harrach, Die Diarien und Tagzettel des Kardinals Ernst Adalbert von Harrach (1598-1667): Kommentar & Register, Böhlau Verlag Wien, 2010, pp.273-274.
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