In origine questa sede era parte di un progetto missionario della Santa Sede esteso a tutta la Pannonia, dove erano presenti diversi stati slavi tra cui la Grande Moravia di Svatopluk e di Rastislav e il principato del Balaton di Kocel. A capo di questa missione era stato designato Metodio, con il titolo di arcivescovo Pannoniensis e arcivescovo Marabensis. La missione di Metodio si rivolgeva soprattutto agli slavi, tanto che, dopo aver tradotto la Bibbia e i libri liturgici, ottenne il privilegio di celebrare la liturgia nella loro lingua.[3]
In qualche modo però il progetto di Metodio si sovrapponeva alle preesistenti missioni dei vescovi franchi della Baviera: Salisburgo, Passavia, Frisinga e Ratisbona, che avevano intrapreso un'importante attività di evangelizzazione con il pieno sostegno delle autorità carolinge del regno dei franchi orientali. Un episodio importante era stato il battesimo in massa dei Moravi compiuto da Reginardo vescovo di Passavia nell'831[4] al quale era seguita la costruzione di chiese.
Gli attriti fra i missionari si acuirono al punto che Metodio fu detenuto a Reichenau da Ermanrico vescovo di Passavia e fu liberato solo dopo l'intervento di papa Adriano II.[5]
L'arcidiocesi di Metodio non aveva una sede stabile, ma, in un contesto politicamente fluido, mirava a stabilire sedi residenziali.[6] Nitra fu l'unica sede effettivamente eretta e anche l'unico riferimento territoriale certo dell'attività di Metodio.[7] L'intero progetto fu messo in crisi dall'invasione dei Magiari fra la fine del IX e l'inizio del X secolo, che contribuì anche un'inversione di tendenza nella politica missionaria romana, attuata da papa Stefano V, che rinnega l'esperienza di Metodio e la liturgia slava. Per circa un secolo, fino alla conversione dei Magiari sotto il regno di Santo Stefano (1001), si perde ogni traccia di attività della sede di Nitra.[8]
Il 30 dicembre 1977, quando è stata creata la metropolia slovacca di Trnava, Nitra ne divenne suffraganea.
Con il riordino delle circoscrizioni ecclesiastiche della Slovacchia occidentale del 14 febbraio 2008 la diocesi di Nitra ha subito una radicale variazione territoriale, cedendo a nord la regione di Žilina a vantaggio dell'erezione della diocesi di Žilina e incorporando a sud una porzione del territorio appartenuto all'arcidiocesi di Bratislava-Trnava. Contestualmente è divenuta suffraganea dell'arcidiocesi di Bratislava.
Cronotassi dei vescovi
Si omettono i periodi di sede vacante non superiori ai 2 anni o non storicamente accertati.
^Ján Dubina, I riti del Triduo Pasquale in Slovacchia, Romae, Edizioni Nuova Cultura, 2012, p. 25. L'edizione critica della bolla in: Magnae Moraviae Fontes Historici, t. III, Brno, 1969, pp. 197-208.
^Secondo Eubel (I, p. 368, nota 2 di Nitra), questo vescovo è da eliminare dalla lista episcopale di Nitra, perché il precedente vescovo, Ján II, è menzionato all'epoca del settimo anno di papa Onorio III.
^Il 10 luglio 1596 nominato vescovo di Nitra dal re d'Ungheria, confermato dalla Santa Sede il 2 agosto 1599.
