La Coppa CERS 1999-2000 è stata la 20ª edizione dell'omonima competizione europea di hockey su pista riservata alle squadre di club. Il torneo ha avuto inizio il 20 novembre 1999 e si è concluso il 16 aprile 2000.
Il titolo è stato conquistato dai portoghesi del Paço de Arcos per la prima volta nella loro storia sconfiggendo in finale gli spagnoli del Voltregà.
In quanto squadra vincitrice il Paço de Arcos ha ottenuto anche il diritto di partecipare alla Coppa Continentale 2000-2001.