All'interno del genere Betacoronavirus, sono comunemente riconosciuti quattro sottogeneri, denominati usando lettere dell'alfabeto, o lettere greche o anche numericamente:
Tra i CoV umani, l'229E e l'NL63 sono nel sottogruppo alfa, mentre nel sottogruppo beta vi sono l'OC43, l'HKU1, il SARS-CoV, il MERS-CoV e il SARS-CoV-2; questi ultimi sono noti per essere causa di gravi epidemie di polmonite, con tassi di letalità variabili. Il SARS-CoV appartiene al ceppo 2B[1], mentre il MERS-CoV è il primo betacoronavirus appartenente al ceppo C capace di infettare gli esseri umani[2][3].
Sia il beta-coronavirus che l'alfa-coronavirus discendono da un pool genetico di pipistrelli[4][5][6].
^ A. Bermingham, M.A. Chand; C.S. Brown; E. Aarons; C. Tong; C. Langrish; K. Hoschler; K. Brown; M. Galiano; R. Myers; R.G. Pebody, Severe respiratory illness caused by a novel coronavirus, in a patient transferred to the United Kingdom from the Middle East, September 2012., in Euro Surveill, vol. 17, n. 40, 2012, p. 20290, PMID23078800.