Con la fine del dominio mongolo e l'inizio della dinastia Ming (1368) si iniziarono una serie di persecuzioni contro i cristiani, che posero fine a questo primo tentativo di evangelizzare la Cina.
I primi missionari a raggiungere Pechino furono i gesuiti con Matteo Ricci nel 1601; quattro anni dopo fu eretta la prima chiesa cattolica della capitale, nota con il nome di Nantang. Nel 1609 si contavano già quasi 2.000 battezzati, secondo quanto racconta il Ricci nella sua corrispondenza.[2]
La dipendenza delle diocesi cinesi dal patronato regio, pur non essendo territorio portoghese, era dovuta anche al fatto che due bolle di papa Nicolò V e di papa Callisto III, rispettivamente del 1454 e del 1456, indirizzate a Enrico il Navigatore stabilivano che le terre scoperte e/o evangelizzate dall'Ordine di Cristo (il cui Gran Maestro dal 1516 era il Re di Portogallo) sarebbero state in perpetuo sotto la responsabilità portoghese.
La bolla di erezione della diocesi però non ne specificava i limiti territoriali.[3] Così il 15 ottobre 1696, con il breveE sublimi sedis di papa Innocenzo XII, furono definiti i limiti della diocesi, compresi in tre province cinesi (Pechino, Chantong e Leaotong).[4] Nei territori dismembrati dalla diocesi di Pechino furono successivamente eretti i vicariati apostolici di Shansi (oggi arcidiocesi di Taiyuan) e di Shensi (oggi arcidiocesi di Xi'an).
Nel 1782 la diocesi non aveva un capitolo né alcun monastero né maschile né femminile; i sacerdoti erano poco più di venti, compresi i missionari.
L'ultimo vescovo di nomina regia portoghese, Joaquim da Souza Saraiva, non mise mai piede a Pechino a causa di una persecuzione che imperversava in quel momento nella capitale. Rimase a Macao, mantenendo il titolo di vescovo di Pechino fino alla sua morte nel 1818. In seguito la Santa Sede non approvò più i vescovi proposti dal governo di Lisbona, preferendo la nomina di amministratori apostolici.[5]
Il 9 settembre 1831, il 14 agosto 1838 e il 3 settembre 1839 cedette porzioni di territorio a vantaggio dell'erezione rispettivamente dei vicariati apostolici di Corea (oggi arcidiocesi di Seul), di Leaotong (oggi arcidiocesi di Shenyang) e di Chantong (oggi arcidiocesi di Jinan). Con queste decisioni la Santa Sede limitò il territorio della diocesi di Pechino alla sola regione di Ce-Li.
Il 21 febbraio 1857 Santa Sede e governo portoghese stipularono un concordato, che non prevedeva più l'esistenza delle diocesi di Pechino e di Nanchino; fu il primo passo formale per la soppressione di queste due diocesi.[6]
Lo stesso giorno, con il breve Cum nos, Pio IX affidò il vicariato apostolico di Pechino settentrionale ai missionari lazzaristi, che già amministravano la diocesi durante il precedente lungo periodo di sede vacante, e nominò come primo vicario apostolico Joseph-Martial Mouly, vescovo titolare di Fussala.[8]
Successivamente il vicariato apostolico di Pechino settentrionale assunse il nome di "vicariato apostolico di Ce-Li settentrionale o Pechino".[9]
Il 23 dicembre 1899, il 14 febbraio 1910 e il 27 aprile 1912 cedette porzioni di territorio a vantaggio dell'erezione rispettivamente del vicariato apostolico di Ce-li orientale (oggi diocesi di Lulong), del vicariato apostolico di Ce-li centrale (oggi diocesi di Baoding) e del vicariato apostolico di Ce-li marittimo (oggi diocesi di Tianjin).
Il 3 dicembre 1924 il vicariato apostolico assunse il nome di vicariato apostolico di Pechino in forza del decreto Vicarii et Praefecti della Congregazione di Propaganda Fide[10].
Il 10 maggio 1926 e il 25 maggio 1929 cedette altre porzioni di territorio a vantaggio dell'erezione rispettivamente del vicariato apostolico di Xuanhuafu (oggi diocesi di Xuanhua) e della missione sui iuris di Yixian (oggi prefettura apostolica).
^(LA) Breve Cum nos, in Raffaele De Martinis, Iuris pontificii de propaganda fide. Pars prima, vol. VI/1, Romae, 1894, p. 255.
^Il cambio di nome è documentato a partire dall'Annuario Pontificio del 1870, p. 281. La forma Ce-li è quella prevalente negli Annuari Pontifici, documentata ininterrottamente dal 1890 al 1923. Ce-li è il nome dell'odierna provincia di Hebei.
^Durante il periodo di sede vacante, la diocesi fu data in amministrazione apostolica dapprima a Caetano Pires Pereira, vescovo di Nanchino (1827 - 2 novembre 1838), e poi a Joseph-Martial Mouly, vicario apostolico di Mongolia, oggi diocesi di Chongli-Xiwanzi (28 aprile 1846 - 30 maggio 1856). Nel periodo 1818-1826 la diocesi fu amministrata dal vicario generale, il lazarista Joseph Nunez Ribeiro, morto il 14 ottobre 1826.