Dallo stesso anno fu membro onorario di K.Ö.St.V. Teutonia-Innsbruck dell'associazione delle confraternite studentesche delle scuole medie e membro onorario delle tre associazioni ÖCV di Salisburgo: Rheno-Juvavia, Rupertina e Lodronia.
Partecipò alla X assemblea generale ordinaria del Sinodo dei vescovi che ebbe luogo nella Città del Vaticano dal 30 settembre al 6 novembre 2001 sul tema "Il Vescovo: Servitore del Vangelo di Gesù Cristo per la speranza del mondo".[7]
Dal 2002 fece parte del "gruppo di San Gallo", un gruppo informale di chierici di alto rango e riformisti che si incontravano ogni anno a gennaio vicino a San Gallo, in Svizzera, per scambiarsi liberamente idee sulle questioni ecclesiastiche.
Monsignor Kothgasser dedicò la sua lettera pastorale quaresimale del 2005 al tema della protezione della vita. Chiese ai fedeli l'opposizione a quelle leggi che legittimano l'aborto o l'eutanasia. Affermò che sebbene la Chiesa abbia fin dall'inizio obbedito alle autorità statali riconosciute, allo stesso tempo chiede che si debba obbedire a Dio piuttosto che al popolo.[10]
In memoria del cardinale Franz König, nel 2005 istituì un premio artistico da assegnarsi ogni due anni all'artista salisburghese più meritevole.
In una dichiarazione del 2009 sul processo alle streghe di Mühldorf am Inn del 1749-1750 monsignor Kothgasser dichiarò: "L'omicidio giudiziario di Maria Pauer, che venne condannata come strega nell'ultimo processo di questo tipo nell'arcidiocesi di Salisburgo, interruppe un crimine terribile, in cui la Chiesa di un tempo non era solo intrecciata a causa delle persone che agivano. Non c'è nulla da sorvolare, se non quello di confrontarsi con la disumana realtà storica e chiedere perdono a Dio e al popolo per questa atrocità".
Il 18 aprile 2012 venne annunciato che monsignor Kothgasser aveva presentato la sua richiesta di dimissioni per raggiunti limiti di età,[12][13] chiedendo che il suo mandato non venisse prolungato.[14] Il 4 novembre 2013papa Francesco accettò la sua rinuncia al governo pastorale dell'arcidiocesi e lo nominò amministratore apostolico della stessa.[15] Il 18 novembre il papa chiamò a succedergli monsignor Franz Lackner,[16][17][18] che prese possesso dell'arcidiocesi il 7 gennaio successivo. Il 29 dicembre monsignor Kothgasser si era congedato dall'arcidiocesi con una solenne celebrazione. Vi avevano parte numerosi dignitari della Chiesa, dello Stato e della società. In seguito a questa celebrazione, il governatore del SalisburgheseWilfried Haslauer, gli conferì la gran croce d'onore dello Stato, la più alta onorificenza del land.
In seguito visse nel convento delle suore salesiane a Baumkirchen, nel Tirolo. Intorno al suo 85º compleanno, il 29 maggio 2022, annunciò che sarebbe tornato al Salisburgo. Da allora visse nel seminario arcivescovile.[1]
In seno alla Conferenza episcopale d'Austria fu responsabile della liturgia, dei seminari, delle facoltà e dei collegi teologici e dei teologi laici. Fu membro della commissione per la fede e del comitato finanziario e rappresentante della Conferenza episcopale presso la commissione per la fede della Conferenza episcopale tedesca e ai colloqui teologici di Magonza.
Il 30 novembre 2023 fu ricoverato nell'ospedale di Graz per una emorragia cerebrale.[23] Riuscì a ristabilirsi e il 9 febbraio successivo festeggiò il 60º anniversario di ordinazione presbiterale.[24][2]
Alois Kothgasser, La confessione dei peccati presso i fratelli separati, in Giovanni Pianazzi e Achille M. Triacca (a cura di), Valore e attualità del sacramento della penitenza. Convegno di aggiornamento per sacerdoti e per educatori, Roma, Facoltà teologica della Università pontificia salesiana, 1-4 novembre 1973, collana Biblioteca di scienze religiose, PAS-Verlag, 1974. URL consultato il 1º aprile 2024.
Alois Kothgasser, Die Regeln als spirituelle Grundlage unseres Ordenslebens, collana Lebensgestaltung aus dem Geiste des Heiligen Johannes Bosco, Colonia, Provinziale d. Dt.-sprachigen Provinzen d. Salesianer Don Boscos, 1980, pp. 54. URL consultato il 1º aprile 2024.
Alois Kothgasser, La finestrella della Valponasca, Roma, Istituto figlie di Maria Ausiliatrice, 1981, pp. 107. URL consultato il 1º aprile 2024.
Alois Kothgasser, Auf der Suche nach dem unterscheidend und wesentlich "Salesianischen", collana Lebensgestaltung aus dem Geiste des Heiligen Johannes Bosco, Colonia, Provinziale d. Dt.-sprachigen Provinzen d. Salesianer Don Boscos, 1982, pp. 47. URL consultato il 1º aprile 2024.
Alois Kothgasser, Alberto Caviglia e Giovanni Battista Lemoyne, Maria Domenica Mazzarello profezia di una vita, Roma, Istituto figlie di Maria Ausiliatrice, 1996, pp. 107. URL consultato il 1º aprile 2024.
Alois Kothgasser, Il Vescovo come successore nella missione del Buon Pastore, in Manlio Sodi (a cura di), "Ubi Petrus ibi Ecclesia": sui "sentieri" del Concilio Vaticano II: miscellanea offerta a S.S. Benedetto XVI in occasione del suo 80º genetliaco, collana Nuova biblioteca di scienze religiose, Roma, LAS, 2007, ISBN978-8821306419. URL consultato il 1º aprile 2024.
Partito: al primo d'argento all'aquila di rosso rostrata d'oro uscente dalla partizione; al secondo d'oro alla croce saldata d'argento[39]; al capo partito: al primo di rosso, all'albero d'oro con le fronde di verde; al secondo d'argento, alla rosa di rosso, bottonata d'oro[40]; alla croce a otto punte d'oro e di nero, attraversante sul tutto.
Ornamenti esteriori da vescovo.
Motto: "Veritatem facientes in charitate".
Partito: al primo d'oro al leone rampante di nero, linguato e armato di rosso; al secondo di rosso alla fascia d'argento[41]; al capo partito: al primo di rosso, all'albero d'oro con le fronde di verde; al secondo d'argento, alla rosa di rosso, bottonata d'oro[42].
^(DE) Erzbischof reichte Rücktritt ein, su kirchen.net, 18 aprile 2012. URL consultato il 1º aprile 2024 (archiviato dall'url originale il 31 luglio 2012).
