A 2016–2017-es Európa-liga csoportkörének mérkőzéseit 2016. szeptember 15. és december 8. között játszották le.
Fordulók és időpontok
Forduló
Sorsolás
Játéknapok
1. mérkőzésnap
2016. augusztus 26. (Monaco)
2016. szeptember 15.
2. mérkőzésnap
2016. szeptember 29.
3. mérkőzésnap
2016. október 20.
4. mérkőzésnap
2016. november 3.
5. mérkőzésnap
2016. november 24.
6. mérkőzésnap
2016. december 8.
Sorsolás
A csoportkörben 12 darab, egyaránt négycsapatos csoportot képeztek. A csoportokban a csapatok körmérkőzéses, oda-visszavágós rendszerben mérkőztek meg egymással. A csoportok első két helyen záró csapat az egyenes kieséses szakaszba jutott, a harmadik és negyedik helyezettek kiestek.
A csoportkörbe a rangsor szerinti első 12 ország kupagyőztese, a 4. helyen rangsorolt bajnokság 4. helyezettje, az 1–3. helyen rangsorolt bajnokság 5. helyezettjei, valamint az UEFA-bajnokok ligája rájátszásának 10 vesztes csapat, és az Európa-liga selejtező rájátszásának 22 továbbjutója került.
Az UEFA versenyszabályzata alapján, ha két vagy több csapat a csoportmérkőzések után azonos pontszámmal állt, az alábbiak alapján kellett meghatározni a sorrendet:
az azonosan álló csapatok mérkőzésein szerzett több pont
az azonosan álló csapatok mérkőzésein elért jobb gólkülönbség
az azonosan álló csapatok mérkőzésein idegenben szerzett több gól
az összes mérkőzésen elért jobb gólkülönbség
az összes mérkőzésen szerzett több gól
az azonosan álló csapatok és nemzeti szövetségük jobb UEFA-együtthatója az elmúlt öt évben