A csoportkörben a 2009–2010-es Európa-liga rájátszásának 38 győztes, illetve a 2009–2010-es UEFA-bajnokok ligája rájátszásának 10 vesztes csapata vett részt. A 12, egyaránt négycsapatos csoportban körmérkőzéses, oda-visszavágós rendszerben mérkőztek meg a csapatok egymással. A csoportok első két helyén végzett csapatai jutottak az egyenes kieséses szakaszba.
Kiemelés
A csapatok kiemelését a nemzeti labdarúgó-bajnokságokra vonatkoztatott UEFA-együttható alapján végezték, majd négy, egyaránt 12 résztvevős csoportra bontották.
Az UEFA versenyszabályzatának 7.05 pontja alapján, ha két vagy több csapat a csoportmérkőzések után azonos pontszámmal állt, az alábbiak alapján kellett meghatározni a sorrendet:[1]
az azonosan álló csapatok mérkőzésein szerzett több pont
az azonosan álló csapatok mérkőzésein elért jobb gólkülönbség
az azonosan álló csapatok mérkőzésein idegenben szerzett több gól
az összes mérkőzésen elért jobb gólkülönbség
az összes mérkőzésen szerzett több gól
az azonosan álló csapatok és nemzeti szövetségük jobb UEFA-együtthatója az elmúlt öt évben
1 A Dinamo Zagreb csapatának két hazai mérkőzését zárt kapuk mögött kellett rendeznie, valamint az UEFA a csapat eredményéből 3 pontot levont.[2] A Dinamo Zagreb fellebbezett, az UEFA visszaadta az elvett három pontot, de a klubot 75 000 eurós pénzbüntetéssel sújtotta, valamint eltiltották az UEFA kupasorozataiból. Utóbbi ítéletet három évre felfüggesztették.[3]