Lancé en 1909, il coule le dans le port de Kiel, probablement à cause d'un problème de ballast. Des plongeurs mettent des câbles pour que le sous-marin soit soulevé par une grue. La manœuvre réussit jusqu'à la hauteur du tube de lance-torpilles, presque tout l'équipage est évacué avant qu'il ne soit atteint par le gaz chloré qui fuit des accumulateurs. La tentative pour sauver les hommes dans le kiosque échoue jusqu'à l'arrivée du SMS Vulkan pour le soulever davantage. Trois marins sont morts dans cet accident.
Au début de la Première Guerre mondiale, le U-3 est envoyé pour quatre patrouilles en mer Baltique avec d'autres sous-marins allemands pour s'opposer à la marine russe. Cependant il s'avère inapte au combat. En , il devient un navire-école jusqu'à la fin de la guerre.
Le , le bateau qui s'était rendu est remorqué à Preston pour être démoli lorsqu'il coula pendant son dernier voyage.
Erich Gröner, Dieter Jung et Martin Maass, U-boats and Mine Warfare Vessels, vol. 2, London, Conway Maritime Press, (ISBN0-85177-593-4)
(de) Eberhard Rössler, U-Bootbau bis Ende des 1. Weltkriegs, Konstruktionen für das Ausland und die Jahre 1935-1945, vol. I, Coblence, Bernard & Graefe, (ISBN3-7637-5213-7)
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