Le , il est annoncé que la saison débutera par un crossover avec NCIS : Hawai'i. Vanessa Lachey et Jason Antoon sont présents dans cet l'épisode[4].
Le , CBS annonce un crossover avec les trois séries NCIS, prévu pour le début de l'année 2023, l'enquête devant suivre un tueur en série qui s'en prend aux agents du NCIS[5]. Le 11 novembre, CBS confirme que l'épisode sera diffusé le lundi le [6]. Le 11 décembre 2022, pour des raisons inconnues, CBS repousse la diffusion du crossover au 9 janvier 2023[7]. Le crossover réalise des audiences élevées pour les trois séries[8].
L'agent spécial Alden Parker est toujours en fuite avec son ex-femme pour échapper à la vendetta personnelle contre lui. Jane Tenant et Ernie Malik d’Hawaï sont à Washington pour un exercice militaire mondial et ils en profitent pour aider l'équipe dans leur traque de The Raven.
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Épisode crossover avec NCIS : Hawai'i avec l'apparition de Jane Tenant interprétée par Vanessa Lachey et Jason Antoon interprété par Ernie Malik.
Pour la première fois, l'audience de la série passe en dessous des 6 millions de téléspectateurs.
Épisode 2 : Pères et impairs
Titre original
Daddy Issues (trad. litt. : « Problèmes liés au père »)
McGee voit sa vie professionnelle et personnelle se rejoindre lorsqu'un parent d'élève de l'école de ses enfants se retrouve lié à une effraction dans un bunker d'armement du gouvernement.
Un cadavre est découvert dans un ancien cimetière, considéré comme hanté. L'équipe essaie alors de déterminer la symbolique du crime. Torres, quant à lui, continue sa thérapie avec le docteur Grace. Il découvre qu'ils courent tous deux un grave danger.
Épisode 4 : Les Jolis cœurs
Titre original
Leave No Trace (trad. litt. : « Ne laisser aucune trace »)
États-Unis : 6,60 millions de téléspectateurs (première diffusion)[14]
France : 1,25 million de téléspectateurs[15] (première diffusion)
Invités
Caleb Alexander Smith : Agent Spécial de l'USNPS Gage Winchester
Norman Lehnert : Greg Patrick Walsh
Michael Petrone : Carl le Guide du Camping
Nicola Posener : Maxine Lautner
Tiffany Dion : Eye Roll Girl
Synopsis
Le passé de l'agent Knight refait subitement surface quand son ex-petit ami, un agent du National Parks Service, fait équipe avec le NCIS pour élucider un meurtre commis dans un camping.
Vance échappe de peu à une tentative d'assassinat à son domicile, alors qu'il doit se rendre à une conférence à Berlin. Parker décide de l'accompagner pour le protéger. En outre, la relation entre Jimmy et Jess avance à grands pas.
Épisode 6 : Une taupe parmi nous
Titre original
The Good Fighter (trad. litt. : « Le bon combattant »)
États-Unis : 6,97 millions de téléspectateurs (première diffusion)[17]
France : 1,46 million de téléspectateurs (première diffusion)[18]
Invités
Mark Atteberry : Medgar Nash
Amber Friendly : Eden Greyson
Menik Gooneratne : Diya Khatri
Damian Joseph Quinn : Travis Baltoni
KayKay Blaisdell : Gen Z Girl
Vonzell Carter : Instructeur
Synopsis
Un agent du NCIS est retrouvé mort et Kasie est portée disparue. L'équipe doit alors attraper le tueur. Kasie est de retour au NCIS et est en mission d'infiltration pour démasquer la taupe qui se trouve au NCIS.
Le NCIS enquête sur la secrétaire d'état de la Marine, quand son mari prétend qu'elle aurait tenté de le tuer.
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Patrick Labyorteaux qui a interprété le personnage du capitaine de vaisseau Bud Roberts Jr. dans JAG mais aussi dans les saisons 1, 14 et 15 de NCIS, interprète cette fois-ci un autre personnage.
Une bombe explose lors d'une course organisée lors de Thanksgiving où une amirale est présente. Le NCIS doit alors agir rapidement pour éviter un nouveau drame. Dans le même temps, Kasie essaie de jouer un rôle de pacificateur lorsqu'elle accompagne Knight, qui doit voir sa sœur avec qui les relations sont très compliquées.
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Cet épisode a été co-écrit par Diona Reasonover, l'interprète de Kasie.
Le NCIS enquête sur la mort suspecte d'une personne qui traversait la rue précipitamment. La victime était un élève qui avait pour professeur Delilah, la femme de McGee. Les deux entretenaient une relation particulière. Aussi, après le grand succès de son premier roman, McGee se lance dans l'écriture d'un nouveau livre, mais fait face à une panne d'inspiration.
Épisode 10 : L'Affaire Dale Harding
Titre original
Too Many Cooks (trad. litt. : « Trop de cuisinier »)
États-Unis : 7,93 millions de téléspectateurs (première diffusion)[23]
France : 1,59 million de téléspectateurs (première diffusion)[24]
Invités
Vanessa Lachey : Jane Tenant, chef d'équipe du NCIS à Hawaï 2/2
Noah Mills : Jesse Boone, agent spécial du NCIS à Hawaï
Chris O'Donnell : Grisha Callen, chef d'équipe du NCIS à Los Angeles
LL Cool J : Sam Hanna, agent spécial du NCIS à Los Angeles
Robert Picardo : Dale Harding, sergent de marine à la retraite
Brianna Reed : Libby
Tim Rock : Cambia, instructeur
Stéphanie Hodge : Greta Ford
Kevin Changaris : Simon Williams
Joe Chamrello : Kidnappeur
Synopsis
Les membres d'équipe du NCIS de Hawai'i et Los Angeles sont tous réunis à Washington pour enquêter sur le suicide d'un professeur qui devait partir à la retraite. Il s'avère cependant que ce suicide cache quelque chose de beaucoup plus important.
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L'intrigue débutée dans cet épisode continue lors de l'épisode 10 de la saison 2 de NCIS: Hawaiʻi, intitulé Traque à Hawaii puis se conclut lors de l'épisode 10 de la saison 14 de NCIS: Los Angeles intitulé Vivre et Mourir à Los Angeles.
En enquêtant sur le meurtre d'un membre de la Navy, Parker découvre qu'il est victime d'un vol d'identité. Knight et Palmer, quant à eux, font face aux premiers obstacles de leur relation.
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Cet épisode est dédié à la mémoire de Terrence O'Hara, réalisateur de nombreux épisodes de la série, décédé en décembre 2022.
Kaipo Schwab : Agent Spécial du FBI en charge, Liam McCullers
Rahvaunia : Capitaine des Pompiers
Andy Marques : Policier
Synopsis
Un vieil ami de Torres vient le voir pour obtenir des informations sur une opération d'infiltration du FBI, mais il est couvert de sang. Il disparait peu après. Toute l'équipe du NCIS aide Torres à le retrouver. McGee, de son côté, s'entraine dans l'objectif de participer à un jeu télévisé populaire.
Pour se préparer à un rôle, une actrice de renommée internationale suit les agents du NCIS quand ces derniers enquêtent sur une sordide affaire de décapitation.
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Tanya Raymonde était déjà apparue dans NCIS dans un autre rôle lors de l'épisode 17 de la saison 2, "Œil pour œil".
États-Unis : 7,05 millions de téléspectateurs (première diffusion)[30]
France : 1,29 million de téléspectateurs (première diffusion)[31]
Invités
Michael Patrick Thornton : Jeremy Brighton
Bill Dawes : Clayton Wills
Benjamin Barrett : Theo Benes
Deanne Lauvin : Rebecca Haswell
Dean Wil : Francis
Synopsis
Parker voit son passé ressurgir quand un escroc qu'il avait arrêté quand il était au FBI devient le principal suspect dans le meurtre d'un officier de la marine qui transportait des opioïdes.
Le NCIS enquête sur la mort d'un quartier maître inscrit sur un site pour des relations entre jeunes et seniors. Parker profite du fait que son père soit chez lui pour qu'il aide l'équipe à mener une "mission d'infiltration" dans le cadre de l'enquête au sein d'une maison de retraite où la victime était active.
Le NCIS enquête sur une importante attaque bioterroriste dans le garage d'un centre commercial, qui cache une affaire de vol bien plus importante. Dans le même temps, le père de Knight à un problème de santé au Japon.
Épisode 17 : La Terre promise
Titre original
Stranger in a Strange Land (trad. litt. : « Un étranger dans un pays étrange »)
États-Unis : 6,60 millions de téléspectateurs (première diffusion)[36]
France : 0,99 million de téléspectateurs (première diffusion)[37]
Invités
Samer Salem : Mateen Jamaah
Anisha Adusumilli : Veeda Rajab
Patrick Cohen : Pasteur, Eddie Watkins
Elizabeth Bond : Karen Graham
Ericka Kreutz
Turhan Troy Caylak
Wida Karim : Madame Jamaah
Ian Stanley : Robert Whitlock
Synopsis
Le NCIS enquête sur le meurtre d'un officier de la marine, qui aurait été assassiné pour avoir aidé un réfugié afghan. Jimmy doit quant à lui gérer le début de l'adolescence de sa fille quand un problème se pose à lui.
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Pour la première fois en France, l'audience de la série passe en dessous du million de téléspectateurs.
Le NCIS enquête sur une lieutenant de la marine qui aurait tenté d'assassiner son mari mais qui ne se souvient plus de rien. Kasie est sous le choc après avoir appris qu'un membre de sa famille est atteint de la maladie d'Alzheimer.
Épisode 19 : Wonder Woman
Titre original
In the Spotlight (trad. litt. : « Sous le feu des projecteurs »)
États-Unis : 6,81 millions de téléspectateurs (première diffusion)[40]
France : 1,27 million de téléspectateurs (première diffusion)[41]
Invités
Scott Lawrence : Agent de la DEA, Raymond Franck
Adriana Ducassi : Reyna Vargas
Elias Janssen ; Adam Vargas
Kayla Blake : Nurse Allegra
Connie Jackson : Elaine
Timothy-James Kennedy : Skater Dude
Maritxell Carrero : Waitress
Olivia Negron : Olivia Negron
Dennis Renard : Infirmière
Erick Carrillo : Mateo Serrano
Synopsis
L'agent Knight devient populaire sur les réseaux sociaux après avoir sauvé une mère et sa fille d'un accident qui aurait pu leur être fatal. Cependant, un troisième passager était à l'intérieur de la voiture : il s'agit d'un agent de la DEA mort avant l'accident.
Épisode 20 : Autopsie à quatre mains
Titre original
Second Opinion (trad. litt. : « Deuxième opinion »)
Le NCIS doit résoudre le meurtre de la fille d'un sénateur, jugée rebelle. Il doit dans le même temps faire face à la pression de la sénatrice. Jimmy voit ressurgir un ancien étudiant devenu un célèbre médecin légiste et avec qui il avait eu un contentieux.
Anny Elizabeth Rosario : Lieutenant de la Navy Jasmine Coyne
Rick Gifford : Agent Spécial du département des affaires étrangères, Smith
Synopsis
Un meurtre se produit dans la section des affaires classées. Le NCIS se charge de l'enquête et découvre que des espions russes qu'ils ont arrêtés au cours de ces derniers mois vont faire l'objet d'un échange de prisonniers. Jimmy fait une confession accidentelle qui pourrait totalement bouleverser sa relation avec Knight.
Torres se retrouve en prison pour une mission d'infiltration, alors que l'équipe doit déjouer une menace terroriste qui s’annonce dévastatrice.
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Cet épisode marque la dernière apparition du personnage du Dr. Donald "Ducky " Mallard après le décès de son interprète David McCallum le 25 septembre 2023.