Rémi Gounelle est titulaire d'une habilitation à diriger des recherches. En 2003-2004, il est chargé d'enseignement au sein de la Faculté de théologie de l'Université de Neuchâtel et collaborateur scientifique de l'Institut romand des sciences bibliques.
Il est le doyen de la faculté de théologie protestante de l’université de Strasbourg de 2011 à 2021[2] et directeur scientifique des Presses universitaires de Strasbourg depuis le 1er janvier 2024;
L'Évangile de Nicodème ou les Actes faits sous Ponce Pilate (recension latine A), suivi de La Lettre de Pilate à l'empereur Claude. Introduction et notes par Rémi Gounelle et Zbigniew Izydorczyk. Traduction par R. Gounelle à partir d'un texte mis au point par Z. Izydorczyk, Turnhout, Brepols (Apocryphes, 9), 1997
La Descente du Christ aux enfers. Institutionnalisation d'une croyance, Paris, Institut d'études augustiniennes (Collection des Études augustiniennes, Série Antiquité, 162), 2000
Les Recensions byzantines de l'Évangile de Nicodème, Turnhout - Prahins, Brepols - éditions du Zèbre (Corpus Christianorum, Series Apocryphorum, Instrumenta, 3 ; Instruments pour l'étude des langues de l'Orient ancien, 7), 2008
Direction d'ouvrages
La Descente du Christ aux enfers, Paris, éditions du Cerf (Cahiers Évangile, Supplément 128), 2004
(Avec A. Frey) : Poussières de christianisme et de judaïsme antiques. Études réunies en l'honneur de Jean-Daniel Kaestli et Éric Junod, Prahins (CH), Éditions du Zèbre (Publications de l'Institut romand des sciences bibliques), 2007
(Avec A. Noblesse-Rocher) : Le Décalogue, Paris, éditions du Cerf (Cahiers Évangile, Supplément 144), 2008
(Avec J.-M. Prieur) : Le Décalogue au miroir des Pères, Strasbourg, Université Marc-Bloch (Cahiers de Biblia Patristica, 9), 2008
Lire dans le texte les apocryphes chrétiens, Paris, éditions du Cerf (Cahiers Évangile, Supplément 148), 2009
(Avec J. Joosten) : La Bible juive dans l’Antiquité, Prahins (CH), éditions du Zèbre (Histoire du texte biblique, 9), 2014
(Avec B. Mounier) : La Littérature apocryphe chrétienne et les Écritures juives, Prahins (CH), éditions du Zèbre (Publications de l’Institut romand des sciences bibliques, 7), 2015
Ouvrages collectifs
Christologie entre dogmes, doutes et remises en question, éd. Van Dieren
Philippe François, « Gounelle, Rémi », in Patrick Cabanel et André Encrevé (dir.), Dictionnaire biographique des protestants français de 1787 à nos jours, tome 2 : D-G, Les Éditions de Paris Max Chaleil, Paris, 2020, p. 894 (ISBN978-2-84621-288-5)
