Il est un temps de ceux qui préparent, avec le prince-président et futur empereur Napoléon III, le coup d'État du 2 décembre 1851, participant dès le à la réunion des conjurés. Mais il est relevé et écarté en , ses plans étant jugés inadaptés et lui-même étant suspecté d'être trop proche des royalistes et du général Changarnier, monarchiste. Dès le , Bonaparte le charge d’une mission extraordinaire de commissaire du gouvernement pour les départements du Cher, de l’Allier et de la Nièvre. Il est ensuite promu conseiller d'État.
Vie privée
En 1820, Pierre Carlier épouse Bérénice Hahn, dont il a eu deux filles. Il meurt le à Sens.
↑Augusta Huré: Sens avant et pendant le Second Empire dans le Bulletin de la Société des sciences historiques et naturelles de l'Yonne, vol. 86 (1932), p. 164, n. 77.