En 2000, Goecke crée sa première chorégraphie intitulée «Trou (Loch)» au Théâtre Hagen.
Il réalise ensuite plusieurs chorégraphies (Chics, demigods, Ickyucky) pour la société Noverre, avec des danseurs du Ballet de Stuttgart.
En , Goecke reçoit le prix Dom Perignon à Hambourg pour sa chorégraphie Blushing (rougissement), avec le Ballet de Stuttgart.
Avec la saison 2005/2006, Marco Goecke devient chorégraphe résident du Ballet de Stuttgart. Sa première création dans cette fonction est créée en , il s'agit de "Casse-Noisette", qui sera ultérieurement filmé pour le ZDFtheaterkanal.
De 2006 à 2012 Goecke est le chorégraphe résident du Scapino Ballet Rotterdam, avant d'être celui du Nederlands Dans Theater pour la saison 2013/14. Depuis 2019, il était directeur du ballet du Staatstheater Hanovre.
Controverses
Le 11 février 2023, en marge d'une représentation d'un ballet à l'Opéra de Hanovre, Marco Goecke agresse une journaliste en lui étalant des excréments canins sur le visage[1]. Le 16 février, il a été démis de ses fonctions de directeur de ballet par le Staatstheater Hanovre[2].