la gare de Nantes-État[c 4], une gare située sur l'île de Nantes et tournée vers le fret, qui devrait néanmoins être transférée vers la gare de triage du Grand-Blottereau d'ici peu ;
la gare du Grand-Blottereau[c 5], ancienne gare de triage située à l'est de la ville sur l'ancienne commune de Doulon, remisant une grande partie des rames TER Pays de la Loire et assurant leur entretien. Cette « gare » doit prendre le relais du service frêt de la gare de Nantes-État en 2022[1] ;
L'agglomération nantaise compte également treize gares voyageurs réparties sur neuf communes de la banlieue de Nantes. Elles sont toutes desservies par les TER Pays de la Loire ou les trams-trains de Nantes.
Par le passé, le territoire communal était parsemé d'autres gares ferroviaires souvent de moindre importance, mais qui ont toutes disparu (liste non exhaustive) :
la gare maritime des Salorges[c 9], qui n'était pas une gare à proprement parler, mais un ensemble de voies qui permettaient de faire parvenir les convois le plus près possible des bateaux[2] ;
