En collaboration avec son jeune collègue Yves Charles Zarka, il crée en 1988 le Bulletin Hobbes des Archives de philosophie et planifie l'édition critique des Œuvres de Thomas Hobbes chez Vrin, dont le premier volume sort en 1990[5].
Travaillant souvent en équipe, Jean Bernhardt laisse une œuvre qui est pour une grande part dispersée en articles de revues[6].
(éd.) Correspondance du P. Marin Mersenne, religieux minime, t. XII, CNRS, 1972.
(collectif) Histoire de la philosophie. Idées, doctrines, dir. François Châtelet, Hachette, Paris :
« La pensée présocratique » et « Aristote », dans La philosophie païenne, du VIe siècle avant J.-C. au IIIe siècle après J.-C., 1972
« Hobbes », dans La philosophie du monde nouveau, XVIe et XVIIe siècles, 1972
« Chimie et biologie au XIXe siècle », dans La philosophie du monde scientifique et industriel : 1860-1940, 1973
(avec Henri Dubled) François-Vincent Raspail (1794-1878) et sa famille : manuscrits, lettres, tableaux, objets divers, catalogue de l'exposition du Musée comtadin de juin à , Bibliothèque Inguimbertine, Carpentras, 1978.
(avec Henri Dubled et Pierre Costabel) Nicolas-Claude Fabri de Peiresc (1580-1637), humaniste et savant, sa famille et ses amis, catalogue de l'exposition de manuscrits, imprimés, reliures et documents iconographiques du Musée Comtadin, du au , Bibliothèque Inguimbertine, Carpentras, 1981.
Thomas Hobbes — Court traité des premiers principes, le « Short Tract on First Principles » de 1630-1631. La naissance de Thomas Hobbes à la pensée moderne, « Épiméthée », PUF, 1988
(dir. avec Yves Charles Zarka) Thomas Hobbes, philosophie première, théorie de la science et politique, actes du colloque tenu en Sorbonne et à l'ENS Ulm les 30- et , PUF, Paris, 1990[9].
(dir. avec Yves Charles Zarka) Hobbes et son vocabulaire, Vrin, Paris, 1991.
↑Jean Bernhardt, « La philosophie de l'histoire de la philosophie de Martial Gueroult », Revue philosophique, tome 183, 1993, p. 33-48.
↑« Jean Bernhardt est à notre connaissance le premier en France à s’être intéressé à l’œuvre scientifique et à l’épistémologie de Hobbes », écrit José Médina dans l'In memoriam du Bulletin Hobbes, no 14, dans les Archives de philosophie, tome 65, 2002.
↑Stéphane Gilloz, « La réception de Hobbes en France », Zeitschrift für philosophische Forschung, tome 46, 1992, p. 126 pour la citation et p. 135 pour la philosophie première.
↑Cf. Yves Charles Zarka, La décision métaphysique de Hobbes, seconde édition, p. 369 et 371.
↑Pour les études concernant Hobbes, voir la bibliographie publiée par José Médina dans l'hommage déjà cité.
↑Edouard des Places, « Bernhardt (Jean). Platon et le matérialisme ancien. La théorie de l’âme-harmonie dans la philosophie de Platon », Revue belge de philologie et d’histoire vol. 52, no 1, , p. 153-154. (lire en ligne, consulté le )
↑L. Jaume, « Y.C. Zarka, J. Bernhardt : Thomas Hobbes, Philosophie première, Théorie de la science et politique », Revue française de science politique, vol.41, no 1, , p. 98-99. (lire en ligne, consulté le )