Fils de Pierre Burgelin, professeur d'université et de Françoise Cazamian son épouse, il est baptisé le , au domicile de ses parents, par le pasteur du Temple-Neuf[1]. Marié le avec Berthe du Mesnil du Buisson, il en eut trois fils, Charles-Henri, Denis et Guillaume[2].
Licencié en droit et titulaire d'un diplôme d'études supérieures de droit privé, il réussit le concours d'entrée au Centre National d'études judiciaires (CNEJ) en 1960. Il devient substitut du procureur au tribunal de grande instance de Nancy en 1965. Nommé premier juge à Pontoise en 1973, il rejoint en 1975 la cour d'appel de Paris, où il exerce les fonctions de secrétaire général de la première présidence.
En cette dernière qualité, il requit le un non-lieu en faveur des ministres socialistes Laurent Fabius, Georgina Dufoix et Edmond Hervé dans le procès du sang contaminé. Le , à l'audience de la cour, il demandait encore la relaxe des trois ministres, obtenant celle des deux premiers.
En 2000, il fut violemment mis en cause par le député (PS) Arnaud Montebourg qui l'avait l'accusé de bloquer l'instruction de l'affaire des emplois fictifs du RPR susceptible de mettre en cause Jacques Chirac. Le Conseil supérieur de la magistrature (CSM) avait défendu Jean-François Burgelin, estimant que ces attaques portaient « atteinte à l'autorité de l'institution judiciaire ». En 2001, le chef de l'État lui a personnellement remis les insignes de commandeur de la Légion d'honneur en saluant « l'indépendance totale » du magistrat et en dénonçant « une attaque injustifiée ».
En 2004, quelques mois avant de prendre sa retraite, il est chargé par les ministres de la Santé et de la Justice d'une mission de réflexion sur les criminels malades mentaux. Il a ainsi proposé pour la première fois en France la création de « centres fermés de protection sociale », lieux dans lesquels pourraient être maintenues enfermées à vie les personnes dangereuses. À la fin de l'année 2004, il est en outre médiateur dans le conflit qui oppose Bernard Tapie au Consortium de réalisation (CDR) dans la vente d'Adidas.
Il a pris sa retraite avant la limite d'âge, en décembre 2004, pour raison de santé.
Membre de l'Association professionnelle des magistrats (APM), il a rapidement acquis la réputation d'un magistrat proche de la droite. Il s'est plusieurs fois prononcé en faveur d'une réforme de la justice axée sur la suppression des juges d'instruction, l'instauration d'une procédure accusatoire à l'anglo-saxonne et la création d'un procureur général de la Nation.
Jean Volff et Claude Burgelin, « Burgelin, Claude, Henri, Jean-François et Olivier », in Patrick Cabanel et André Encrevé (dir.), Dictionnaire biographique des protestants français de 1787 à nos jours, tome 1 : A-C, Les Éditions de Paris Max Chaleil, Paris, 2015, p. 513-514 (ISBN978-2846211901)
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