Le jeune Antonio fait ses études au Collegio Romano des Jésuites de Rome. À vingt ans, il reçoit un poste à la cour du pape Urbain VIII. Pendant les pontificats suivants, il sert comme vice-légat d'Urbino, puis comme gouverneur de Pérouse.
En 1671, il reçoit la charge de diriger le diocèse de Lecce, mais pour deux ans seulement du fait qu'il a la charge du secrétariat de la Congrégation des évêques et des réguliers.
Dès après son élection, il se déclare opposé au népotisme qui est longtemps une des grandes plaies de l'Église ; la bulle Romanum decet Pontificem, promulguée en 1692, interdit aux papes à tout moment, de donner des propriétés, des charges ou des rentes à des parents quels qu'ils soient ; en outre, un seul de leurs parents pouvait être élevé au cardinalat. Tout au long de son pontificat, il se tient à cette règle et pas un membre de sa famille ne reçut de charge au Saint-Siège. Ainsi il refuse la pourpre à son neveu bien qu'il soit l'archevêque de Tarente. Il déclare: « Mes neveux, ce sont les pauvres », en comparant sa bienfaisance publique au népotisme de nombre de ses prédécesseurs.
En même temps, il lutte contre les pratiques simoniaques de la chambre apostolique et, dans ce but, il introduit dans sa cour un mode de vie plus simple et moins coûteux. Il impose aux prêtres le port de la soutane et l'accomplissement d'exercices spirituels quotidiens.
En 1693, il incite les évêques français à retirer la Déclaration des Quatre articles de 1682 relative aux « libertés gallicanes » qui a été formulée par l'Assemblée de 1682. Louis XIV de France renonça aux « propositions gallicanes », permettant ainsi au pape de reconnaître les évêques nommés par le roi depuis 1673, date de l'éclatement de l'affaire de la régale, auxquels ses prédécesseurs avaient refusé l'investiture canonique.
En 1694, il fonde la Congrégation pour la discipline et la réforme des ordres réguliers dans l'intention de réformer l'Église dans le sens d'une plus grande spiritualité.
Dans les États de l'Église, il procède à plusieurs réformes et, pour une meilleure administration de la justice, il fait construire le Forum Innocentianum.
En 1697, des fêtes sont organisées par le prince Jean-Baptiste Borghèse à l'occasion de son passage, alors qu'il est en route vers le port d'Anzio. Christian Reder est chargé de réaliser une Vue d'un carrousel conservé aujourd'hui à la galerie Borghèse. Pour cette même occasion, il peint un autre tableau illustrant la visite du pape au port, conservé au musée de Rome.
En 1699, il se prononce en faveur de Bossuet dans la controverse entre ce prélat et Fénelon sur l'Explication des maximes des Saints sur la vie intérieure que ce dernier a écrite pour soutenir Madame Guyon.
Il joue un rôle discret mais décisif dans le déclenchement de la Guerre de Succession d'Espagne. C'est lui qui convainc le (problème de date? le pontife étant déjà mort) le roi d'Espagne Charles II, sans enfants et à la santé très fragile, de désigner comme héritier le BourbonPhilippe de France plutôt qu'un Habsbourg, ce qui était inacceptable pour les autres puissances européennes. Le Pape espère ainsi préserver la paix en Europe[1]. Il meurt le après avoir célébré la même année le seizième jubilé.
↑Bernard Barbiche et Ségolène de Dainville-Barbiche, Bulla, legatus, nuntius : études de diplomatique et de diplomatie pontificales, XIIIe – XVIIe siècle, Paris, École nationale des chartes, , 575 p. (ISBN978-2-900791-95-0, lire en ligne)
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