À la suite de la nationalisation du football professionnel par le colonel Pascot pour la saison 1943-1944 et la création d'un championnat national pour les équipes fédérales, la Coupe de France redevient réellement une coupe nationale et la séparation entre la zone libre (Sud), la zone occupée (Nord) et la zone interdite est abolie.
Les nouvelles équipes fédérales qui regroupent les joueurs professionnels (D1) participent à la coupe comme les clubs amateurs. 772 clubs sont engagés[1].
Les 16 équipes fédérales et les 6 finalistes des zones Nord, Sud et Interdite de 1943 sont qualifiés d'office pour ces 32es de finale, où la notion de zone n'intervient plus, mais les rencontres ne sont tirées au sort qu'au tour suivant.
La majorité des matchs a lieu le [7],[8]. Les matchs nuls ou arrêtés doivent se rejouer le .
Le premier match rejoué entre le Stade Enghien-Ermont et Le Havre AC est arrêté à la mi-temps à cause du brouillard. Le match doit donc être rejoué une deuxième fois le .
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