En , et durant le début de la Grande Guerre, elle est réquisitionnée pour assurer la défense fixe de Toulon avec, notamment, le sous-marin Argonaute[2].
Entre 1915 et 1916, elle est affectée à la défense de la côte sud de l’Italie avec la 1re "Division des torpilleurs et des sous-marins détachés. Elle aide à la protection au large de Brindisi et assure la veille de la zone située entre Mola di Bari et Molfetta[3].
En 1917, la Cigogne est affectée à la 3eescadrille de sous-marins de Toulon. Elle est réquisitionnée pour servir de cobaye pour divers projets expérimentaux. Ainsi au large de Bandol, elle sert d'appât pour tester un nouveau système de microphones pour la détection sous-marine[4]. Puis elle part, accompagnée du submersible Alose, pour Fréjus afin de servir de cible aux tirs et aux bombardements de l'aviation pour l'expérimentation d'une nouvelle arme[5].
En 1918, elle est de nouveau affectée à l'ENSM[6].
Le , elle est condamnée et rayée pour être vendue, avec entre autres l'Aigrette, à la Société de Matériel Naval du Midi le [1].
↑Gérard Garier, L'odysée technique et humaine du sous-marin en France : A l'épreuve de la Grande Guerre, vol. 2, t. 3, Marines édition (ISBN978-2909675817), p. 76-88
↑Gérard Garier, L'odysée technique et humaine du sous-marin en France : A l'épreuve de la Grande Guerre, vol. 2, t. 3, Marines édition (ISBN978-2909675817), p. 198