Johann Jakob Waldschmidt war ein Sohn des Rodheimer Predigers Conrad Waldschmidt und studierte unter anderem an den Universitäten Prag, Wien und Gießen Medizin. 1667 wurde er in Gießen promoviert und ließ sich anschließend in Hanau als Arzt nieder. 1674 folgte er dem Ruf als ordentlicher Professor der Medizin und Physik an die Universität Marburg. In den Jahren 1677, 1679, 1684 und 1686 war er Dekan der Medizinischen Fakultät und in den Jahren 1677, 1685 und 1686 Rektor der Universität Marburg. Er war eng mit dem Mediziner und Leibarzt des Landgrafen von Hessen-Cassel Johann Doläus befreundet, mit dem er gemeinsam über Arzneien forschte.
Andreas Elias Büchner: Academiae Sacri Romani Imperii Leopoldino-Carolinae Natvrae Cvriosorvm Historia. Litteris et impensis Ioannis Iustini Gebaueri, Halae Magdebvrgicae 1755, De Collegis, S. 469 (mpiwg-berlin.mpg.de)
Willi Ule: Geschichte der Kaiserlichen Leopoldinisch-Carolinischen Deutschen Akademie der Naturforscher während der Jahre 1852–1887. Mit einem Rückblick auf die frühere Zeit ihres Bestehens. In Commission bei Wilhelm Engelmann in Leipzig, Halle 1889, Nachträge und Ergänzungen zur Geschichte Neigebaur’s, S.149 (Textarchiv – Internet Archive).
Franz Gundlach: Catalogus professorum academiae Marburgensis. 1: Von 1527 bis 1910. Elwert, Marburg 1927, Nr. 317.
