Von 1997 bis 2001 forschte Schneider für Hoffmann–La Roche in Basel. Im Jahre 2000 habilitierte er sich an der Albert-Ludwigs-Universität Freiburg und wurde 2002 auf die Beilstein Stiftungsprofessur für Chemie- und Bioinformatik an die Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt am Main berufen. Seit 2010 ist Schneider Professor für Computer-Assisted Drug Design an der ETH Zürich, Department of Biosystems Science and Engineering sowie Department of Chemistry and Applied Biosciences. Von 2018 bis 2020 war er Associate Vice President ETH Global. Von 2021 bis 2023 führte er als Direktor das Singapore-ETH Centre in Singapore und hat seit 2024 ein Mandat in dessen Board of Directors[3]. Seit 2024 ist er zudem Mitglied des Innovationsrats der Schweizerischen Agentur für Innovationsförderung, Innosuisse. Er ist Mitbegründer mehrerer Biotech Startup-Unternehmen und CEO der Xanadys GmbH, Zürich.
Schneider gilt als Pionier auf dem Gebiet des gezielten Moleküldesigns durch maschinelles Lernen. Mittels künstlicher Intelligenz können die von ihm entwickelten Computerprogramme die Wirksamkeit von Arzneistoffen vorhersagen, Arzneimittelkandidaten mit gewünschten Eigenschaften entwerfen und die Erfolgschancen bei der Entwicklung neuer Medikamente erhöhen.[4] Schneider prägte die Begriffe „Scaffold Hopping“ und „Frequent Hitter“.[5] Von 2001 bis 2018 war er Chefredakteur der Fachzeitschrift Molecular Informatics.
Schneider, G. (Ed.) De Novo Molecular Design. Wiley-VCH, Weinheim, 2013.ISBN 978-3-527-33461-2
Kenneth Atz, Leandro Cotos, Clemens Isert, M. Håkansson, Dorota Focht, Mattis Hilleke, David F. Nippa, Michael Iff, Jann Ledergerber, Carl C. G. Schiebroek, Valentina Romeo, Jan A. Hiss, Daniel Merk, Petra Schneider, Bernd Kuhn, Uwe Grether, Gisbert Schneider: Prospective de novo drug design with deep interactome learning. In: Nature Communications. 2024, Band 15, Nummer 1 doi:10.1038/s41467-024-47613-w.
Petra Schneider, W. Patrick Walters, Alleyn T. Plowright, Norman Sieroka, Jennifer Listgarten, Robert A. Goodnow, Jasmin Fisher, Johanna M. Jansen, José S. Duca, Thomas S. Rush, Matthias Zentgraf, John E. Hill, Elizabeth Krutoholow, Matthias Köhler, Jeff Blaney, Kimito Funatsu, Chris Luebkemann, Gisbert Schneider: Rethinking drug design in the artificial intelligence era. In: Nature Reviews Drug Discovery. 2019, Band 19, Nummer 5, S. 353–364 doi:10.1038/s41573-019-0050-3.
Gisbert Schneider: Mind and machine in drug design. In: Nature Machine Intelligence. 2019, Band 1, Nummer 3, S. 128–130 doi:10.1038/s42256-019-0030-7.
Gisbert Schneider: Automating drug discovery. In: Nature Reviews Drug Discovery. 2017, Band 17, Nummer 2, S. 97–113 doi:10.1038/nrd.2017.232.