Berdiri pada tahun 1990. Pada tahun pertama berdiri, sekolah ini masih bernama SLTPN 3 Bekasi (1990-1992), lalu pada tahun 1992 berganti nama menjadi SLTPN 10 Bekasi selama kurang lebih 5 tahun hingga tahun 1997. Dan pada tahun 1997 SLTPN 10 Bekasi berubah nama menjadi SMPN 12 Bekasi. Drs. ME Mukhtar (alm) ditunjuk pertama kalinya untuk menjadi kepala sekolah SMPN 12 dengan penanggung jawab bapak Drs. Sumarna AB. Lalu 2 tahun kemudian, ditunjuklah Drs Marsimin Hendiana (alm) sebagai kepala sekolah yang baru.
Saat ini SMPN 12 Bekasi merupakan Sekolah Menengah Pertama yang berstatus "Sekolah Standar Nasional" dengan akreditasi "A" yang berarti "Sangat Baik".
Seiring perkembangannya, SMPN 12 Bekasi sukses menjadi salah satu SMP Negeri terbaik dan favorit se- Kota Bekasi. Prestasi SMPN 12 pun bertambah salah satunya di bidang kesenian dimana sudah 5 tahun berturut-turut SMPN 12 terpilih menjadi salah satu dari sekian sekolah yang menjadi aubade pada saat Upacara Hari Kemerdekaan Republik Indonesia di Istana Merdeka. Disamping prestasi di bidang kesenian, pada tahun 2015 SMPN 12 Bekasi dinobatkan menjadi "Sekolah Terbersih" se- Kota Bekasi.