Bermula dari dibentuknya fillial atau kelas jauh SMUN 2 Bekasi pada tanggal 5 Oktober 1994 yang berlokasi di Pondok Mitra Lestari, Bekasi.
Kemudian dalam waktu yang singkat, namanya berubah menjadi SMUN 1 Jatiasih, dengan Kepala Sekolah Ibu Hj. Beah Sulbiah (Periode 1994-1998).
Pada Tahun 1997, SMUN 1 Jatiasih berganti nama lagi menjadi SMUN 6 Bekasi. Hingga menjadi sekarang, dan berubah nama lagi menjadi SMA Negeri 6 Bekasi.
Sempat terjadi gejolak demonstrasi pada tahun 1999 dikarenakan para siswa tidak puas dengan kinerja kepala sekolah dan para staffnya.
SMU Negeri pertama di Bekasi yang memiliki website.
Tahun ajaran 2010/2011 akan digantikan Drs. Luqman Hakim, S.Pd, M.M dari SMA Negeri 13 Bekasi sementara Dra. Yetty Nugraha pindah menjadi di SMA Negeri 4 Bekasi.
Tahun Ajaran 2011-2016 Kepala Sekolah digantikan HJ.Sumartini.M.M
Saat ini kepala sekolah dijabat oleh Dra. Hj. Sumartini, M,M
