Setelah kemerdekaan hingga tahun 1957 nama "Pondok Melati' belum dikenal, melainkan hanyalah sebuah desa bernama Jati Melati yang merupakan wilayah paling selatan dari Pondok Gede, bagian dari KabupatenJatinegara (1945-1950) atau Regentschap Meester Cornelis (sebelum 1942) hingga masa awal pembentukan Kabupaten Bekasi, dimana Pondok Melati berbatasan langsung dengan wilayah KawedananJonggol, bagian dari Kabupaten Bogor, tepatnya Desa Karanggan (Sekarang Kecamatan Jatisampurna). Wilayah pembatas dengan Kawedanan Jonggol berada daerah yang kini bernama "Ujung Aspal Pondok Gede" di Kelurahan Jatimurni .[1]
Pada tahun 2001 wacana pembentukan Kecamatan Pondok Melati pun mulai dibahas, rencananya beberapa kelurahan di wilayah selatan Kecamatan Pondok Gede akan menjadi wilayah dari Pondok Melati. Kecamatan Pondok Melati menjadi kecamatan terakhir yang dimekarkan dari Pondok Gede. Akhirnya, pada 2005 berdasarkan Perda Kota Bekasi Nomor 03 Tahun 2005 Tentang Perubahan Pertama Perda Kota Bekasi Nomor 04 Tahun 2004 Tentang Pembentukan Wilayah Administratif Kecamatan dan Kelurahan Kota Bekasi, secara definitif Kecamatan Pondok Melati berdiri.[2]
Di wilayah kecamatan ini terdapat daerah Jati Murni, Kampung Sawah yang cukup dikenal dengan kerukunan umat beragamanya. Hal itu ditunjukkan dengan adanya gereja Katolik, gereja Kristen Pasundan dan masjid yang letaknya saling berdekatan didukung dengan warga yang mampu menjaga toleransi.
Akses menuju wilayah kecamatan ini makin mudah dan terbuka sejak adanya Jalan Tol Lingkar Luar Jakarta/JORR, melalui gerbang tol Jatiwarna.
