Kecamatan ini dibentuk pada tahun 1988 dari penggabungan beberapa desa di kecamatan Buaran, Kabupaten Pekalongan dan beberapa desa di kecamatan Warungasem, Kabupaten Batang berdasarkan Peraturan Pemerintah no 21 tahun 1988.
Pemerintahan
Desa/kelurahan
Kecamatan Pekalongan Selatan terdiri atas 6 kelurahan pasca merger kelurahan 1 Januari 2015, antara lain;
Pejabat yang pernah menjabat sebagai Camat Pekalongan Selatan adalah:
Drs. Zaenudin MZ (1988 sampai dengan 1998) ;jabatan sebelumnya Sekcam Pekalongan Barat ...sampai dengan 1988
Kastolani,SIP (1998 sampai dengan 2000) ;Jabatan sebelumnya Sekcam Pekalongan Utara 1988 sampai dengan 1998
Sri Kuncoro P.BA (2000 sampai dengan 2002) ;Jabatan sebelumya Sekcam Pekalongan Barat 1988 sampai dengan 1998, Camat Pekalongan Timur 1998 sampai dengan 2000
Drs.Muadi(2002 sampai dengan 2005) ;Jabatan sebelumnya Sekcam Pekalongan Selatan 1998 sampai dengan 2002
Muhammad Sahlan,SH, MM (2005 sampai dengan 2011); Jabatan sebelumnya Kasubag Mutasi pada Bagian Kepegawaian Setda Kota Pekalongan.
Drs. Muchamad Natsir, M.Si ( 2011 sampai dengan sekarang ); Jabatan sebelumnya Sekcam Pekalongan Timur
Demografi
Masyarakat Pekalongan Selatan terkenal religius, mereka sering kali mengadakan acara-acara keagamaan rutin setiap malam jum`at yang biasa diisi dengan pembacaan Kitab Al-Barzanji, Yasinan, Tahlilan dan acara keagamaan lainnya.
Di Pekalongan Selatan pernah hidup seorang Kyai Kharismatik yang bernama Kyai Thohir yang tinggal di kelurahan Jenggot, yang wafatnya selalu diperingati setiap tahunnya dengan Khoul Kyai Thohir.
Di kecamatan ini banyak sekali pondok pesantren baik kecil maupun besar. Di desa Banyurip Ageng ada pondok tahfidz al-qur`an yang santrinya mencapai 100 orang putra dan putri.
Pendidikan
Di desa Banyurip Alit ada lembaga pendidikan yang cukup besar yaitu yang dikelola oleh Yayasan Hidayatul Athfal (HIFAL) di mana lembaga tersebut mengelola pendidikan mulai TPQ, TK, MI, MTS dan MA yang kesemuanya memiliki lokal kelas yang banyak dalam komplek tersendiri dari masing - masing jenjang pendidikan dan kesemuanya telah Terakreditasi "A".
Sedangkan di Desa Jenggot lembaga pendidikan sangat komplet yaitu dari TPQ (Taman Pengajian Al-Qur`an) sampai SMK Kejuruan . Selain itu di lokasi yang luasnya sekitar 3 Hektar itu terdapat pula Play Group, dan Puskesmas. Sedangkan Ibtidaiyyah dan Tsanawiyahnya menginduk pada Madrasah Salafiyah Jenggot.
