Sistem yang akan digunakan pada Liga Nusantara ini adalah kompetisi penuh dengan format kandang-tandang. Tiap klub peserta diwajibkan minimal berlaga 15 kali selama semusim kompetisi. Ini berbeda dengan kompetisi amatir yang sudah-sudah di mana jumlah pertandingan tiap klub bisa tak merata. Ada yang bisa bertanding lebih dari 10, tetapi ada pula yang hanya bertanding 2 kali.[3]
Putaran provinsi menggunakan sistem kompetisinya penuh. Format untuk kompetisinya kandang-tandang. Tiap klub peserta minimal harus bertanding 15 kali. Dari babak ini, lolos 1 klub ke babak regional dari 10 klub, berlaku kelipatannya.[3]
Putaran regional terbagi dalam 2 Babak, yakni Playoff dan Penyisihan Grup. Babak Playoff dilaksanakan dengan sistem kandang tandang, pemenang playoff maju ke babak penyisihan grup. Penyisihan grup diikuti oleh 24 tim. Sistem dan formatnya adalah setengah kompetisi. Dari tiap grup akan lolos 2 klub untuk berlaga di putaran nasional.
Putaran nasional terdiri dari 16 klub yang berlaga (12 klub yang lolos dari babak regional + 4 klub peringkat 3 hingga 6 dari Divisi Satu 2014). Sistem dan formatnya adalah setengah kompetisi dan home tournament. 6 klub teratas mendapat tiket promosi ke Divisi Utama.
Babak regional
Play-off
Dilaksanakan pada tanggal 27 dan 31 Oktober dengan sistem kandang tandang.