53 tim yang berada di dalam Zona Afrika tergabung pula bersama dengan FIFA, namun Jibuti dan Komoro memutuskan untuk tidak turut serta, sementara Republik Afrika Tengah baru memutuskan untuk tidak ikut setelah pengundian untuk Babak Pertama. Sehingga, pada akhirnya 50 tim ambil bagian, memperebutkan 5 tempat di putaran final di Jerman.
Proses kualifikasi dibagi dalam dua babak. Dalam Babak Pertama, tim selain 5 tim finalis Piala Dunia FIFA2002 (yaitu: Afrika Selatan, Kamerun, Nigeria, Senegal, dan Tunisia) dan 4 tim berperingkat tertinggi lainnya menurut FIFA pada 25 Juni2003[1] (yaitu: Maroko, Mesir, Pantai Gading, dan Republik Demokratik Kongo) dibagi dalam 21 pasang pertandingan untuk kemudian bermain satu sama lain dalam format play-off kandang–tandang. Ke-21 pemenang kemudian berhak melaju ke babak kedua. Dalam babak kedua, ke-30 tim dibagi dalam 5 grup yang masing–masing terdiri atas 6 tim yang akan bermain satu sama lain kandang–tandang. Pemuncak masing–masing grup akan langsung melaju ke putaran final.
Kualifikasi ini juga digunakan sebagai kualifikasi untuk Piala Afrika 2006, yang dilaksanakan di Mesir, dengan 3 tim pemuncak setiap grup berhak melaju ke putaran final. Hal khusus terjadi di grup di mana Mesir yang merupakan tuan rumah penyelenggara Piala Afrika juga tergabung. Pada grup tersebut, tim yang berada di posisi ke-4 juga berhak melaju ke putaran final.
Kualifikasi di zona ini dapat dikatakan sebagai kualifikasi yang paling menarik, di mana 4 dari 5 tempat di putaran final diraih oleh debutan (yaitu: Togo, Ghana, Pantai Gading, dan Angola). Pantai Gading berhasil menyisihkan Kamerun, sementara Angola berhasil menyisihkan Nigeria, di mana Kamerun dan Nigeria merupakan tim–tim kuat di benua Afrika.
Pada Babak Kedua, terbentuk sebuah grup neraka, yaitu grup 3, di mana tergabung tim besar Kamerun, Mesir, dan Pantai Gading, dan juga tim yang sepak bolanya sedang berkembang, Libya. Selain 4 tim tersebut, juga tergabung Sudan dan Benin. Grup ini sendiri dimenangkan Pantai Gading.
Tie-break
Jika 2 atau lebih tim yang imbang dalam perolehan poin dalam akhir pertandingan babak penyisihan grup, tim yang imbang akan diperingkatkan menurut ketentuan – ketentuan berikut, yaitu:
jumlah poin yang lebih ditinggi yang diraih dalam pertandingan antara tim yang imbang
selisih gol dalam pertandingan antara tim yang imbang
jumlah gol yang dicetak dalam pertandingan antara tim yang imbang
selisih gol dalam seluruh pertandingan babak grup
jumlah gol yang dicetak dalam seluruh pertandingan babak grup
hasil dari sebuah pertandingan play-off di sebuah stadion netral, dengan perpanjangan waktu dan adu penalti jika diperlukan
