Zizioulas mendasarkan eklesiologinya pada doktrin Gereja Ortodoks mengenai Allah Trinitas, yang dikembangkan oleh Bapa-bapa Kapadokia.[4] Hakikat (being) Allah Trinitas adalah persekutuan. Hakikat Allah Trinitas juga relasional; Allah tidak pernah dapat dibicarakan tanpa konsep persekutuan yang relasional antara ketiga pribadi (person) Allah.[5] Lebih lanjut menurutnya, hakikat gereja tidak pernah ada dengan sendirinya, tetapi selalu berada di dalam relasi dan persekutuan dengan yang lain, dalam hal ini dengan Allah dan dunia di sekitarnya.[6] Struktur gereja juga perlu secara simultan mempertahankan kesatuan dan kepelbagaian dalam persekutuan.[6] Kapelbagaian perlu diterima dan diberi tempat dalam persekutuan.[6]
Zizioulas menentang pemaknaan person secara filosofis atau psikologis pada dunia Barat modern.[6] Menurutnya, dalam dunia Barat modern, pribadi dimaknai secara psikologis dan filosofis sebagai kesatuan kesadaran yang kompleks, yang memiliki kebebasan dan tujuannya sendiri.[6] Dengan menggunakan pemikiran bapa-bapa gereja, Zizioulas menekankan bahwa pribadi dalam Trinitas adalah koeksistensi dari ketiga pribadi yang kekal, dan eksistensi satu pribadi tanpa pribadi yang lainnya tidak dapat dibayangkan.[6] Kita tidak dapat meminjam konsep pribadi dari filsafat dan psikologi untuk diterapkan pada Allah, karena tidak ada konsep umum mengenai pribadi yang dapat kita terapkan pada Allah.[6] Yang ada adalah konsep spesifik yang didefinisikan berdasarkan relasi yang juga spesifik, antara Bapa, Anak, dan Roh Kudus.[6] Berdasarkan landasan ini, Zizioulas juga melihat gereja sebagai persekutuan yang baik meniru maupun mengambil bagian dalam Allah Trinitas sebagai persekutuan tiga pribadi ilahi, Bapa, Anak, dan Roh Kudus.[6]
Karya-karyanya
Being as Communion: Studies in Personhood and the Church (Crestwood, NY: St. Vladimirs Seminary Press, 1997)
Eucharist, Bishop, Church: The Unity of the Church in the Divine Eucharist and the Bishop During the First Three Centuries (Brookline, MA: Holy Cross, 2001)
Communion & Otherness: Further Studies in Personhood and the Church (London: T & T Clark, 2007)
The One and the Many: Studies on God, Man, the Church, and the World Today (Alhambra, CA: Sabastian Press, 2010)
^ abcdef(Inggris) Douglas H. Knight. 2007. The theology of John Zizioulas: personhood and the church . Hampshire: Ashgate Publishing.
^(Inggris) Morwenna Ludlow. 2007. Gregory of Nyssa: ancient and (post)modern. Oxford: Oxford University Preess.
^(Indonesia) Theodorus Noya. 2012. Supaya mereka semua manjadi satu: Pemahaman mengenai Identitas Gereja sebagai Persekutuan yang Merefleksikan dan Berpartisipasi dalam Allah Trinitas serta Implikasinya bagi Keesaan Gereja. Jakarta: STT Jakarta. (skripsi)
^(Inggris) John D. Zizioulas. 1985. Being as Communion: Studies in Personhood and the Church. Crestwood, NY: St. Vladimirs Seminary Press.
^ abcdefghi(Inggris) John D. Zizioulas. 1985. The One and the Many: Studies on God, Man, the Church, and the World Today. Alhambra, CA: Sabastian Press.