Di Kochi, ia disibukkan dengan urusan pembangunan benteng dan budidaya tumbuhan tropis. Ia banyak menuai kritik karena pembangunan fisik yang terlalu banyak menghabiskan uang. Pada bulan Maret1677, ia diangkat sebagai anggota istimewa Dewan Hindia di Batavia, Hindia-Belanda (kini Jakarta, Indonesia), tetapi sekali lagi berselisih dengan Rijcklof van Goens, pengganti Joan Maetsuycker yang sempurna. Pada tahun 1678, ia kembali ke Belanda, bersama dengan Constantin Ranst dan Joan van Oosterwijck. Ia berdiam di Utrecht dan mempersiapkan buku mengenai flora di Malabar. Pada tahun 1684, ia diangkat sebagai komisaris umum oleh gubernur VOC, dengan tugas mengakhiri korupsi di tubuh pegawai VOC (penipuan) serta mendatangi, menemukan semua penipuan, penyalahgunaan, kecurangan, sehingga merencanakan ganti rugi dan memberikannya pada yang memerlukan di pantai Koromandel, Ceylon, Malabar, Surat, dan Koloni Tanjung, tak hanya kepada yang bersalah, tetapi juga memberhentikan pejabat yang dicurigai dan mengirim mereka ke Belanda bersama dengan dokumen-dokumen dan informasi-informasi.[3]
Pada tahun 1684, ia bertolak ke timur bersama sekretarisnyaHendrick Zwaardecroon dan Isaac Soolmans. PerkebunanGroot Constantia diberikan status resmi oleh Van Rheede tot Drakenstein terhadap Simon van der Stel untuk memajukan botani serta pemeliharaan anggur dan hortikultura di Koloni Tanjung. Di sana, Van Rheede tot Drakenstein berkenalan dengan putera Van Goens, yang berlaku seperti pangeran dan kebun VOC bersama tumbuhan kayu manis muda yang dipilih untuk ditebang untuk Hortus Botanicus Amsterdam.[4] Van Rheede tot Drakenstein meminta Van Goens kembali ke Batavia.
Ia bertindak keras di Ceylon, Benggala, Pantai Koromandel, dan Malabar, namun tak banyak pengaruhnya. Pada bulan Maret 1691, ia memerintahkan pengumpulan bibit, umbi lapis, akar, tumbuhan, herbal, bunga, dll, yang memiliki khasiat pengobatan, keuntungan ekonomi, maupun yang bermanfaat untuk kepentingan ilmu pengetahuan. Kotak berisi benda-benda tersebut dikirim kepada Pieter van Dam dan akan dibagi-bagi kepada raja baru Inggris dan Johannes Commelin, yang terlibat dengan Hortus Botanicus.[5] Van Rheede tot Drakenstein meninggal di Laut Arab, dalam perjalanan dari Kochi ke Surat, kemungkinan diracuni oleh pejabat VOC yang takut padanya, tetapi ia sudah sakit selama beberapa bulan.
Karya
Sebagai ahli botani, ia menulis tentang flora di India dalam karya standar berjudul Hortus Indicus Malabaricus, yang diterbitkan dalam 12 bagian antara tahun 1678-1703. Terjemahan Belanda karya tersebut oleh Abraham Poot berjudul Malabaarse Kruydhof. Karya ini memuat etsa berkualitas tinggi dan penggambaran 740 tanaman dari Malabar secara terperinci, mencakup wilayah seluas 30 × 900 km.
Judul lengkap karya itu adalah Hortus Indicus Malabaricus, Continens Regni Malabarici apud Indos celeberrimi omnis generis Plantas rariores, Latinis, Malabaricis, Arabicis, & Bramanum Characteribus nominibusque expressas, unà cum Floribus, Fructibus & seminibus, naturali magnitudine à peritissimis pictoribus delineatas, & ad vivum exhibitas. Addita insuper accurata earundem descriptione, qua colores, odores, sapores, facultates, & praecipue in Medicina vires exactissimè demonstrantur.
^Heniger, J. (1986) Hendrik Adriaan van Reede tot Drakenstein (1636-1691) and Hortus Malabaricus: A Contribution to the History of Dutch Colonial Botany, hal. 71-72
^Zaden en bollen uit de Westerkwartieren. Dalam: Vibeke Roeper & Roelof van Gelder: In dienst van de Compagnie: Leven bij de VOC in honderd getuigenissen [1602-1799], hal. 174-176.