Paroki Kota Baru merupakan pemekaran dari Paroki Santo Yoseph, Katedral Pontianak; dirintis sejak tahun 1965 oleh Pastor Leo de Jong OFM Cap, melayani umat yang berjumlah sekitar 200-an orang di wilayah Kota Baru. Kemudian sekitar tahun 1970-an atas bantuan Pangdam XII Tanjungpura Brigjen A.Y Witono dilakukan pembelian tanah bekas lapangan tembak dan rumah bekas gudang senjata tentara—yang kemudian difungsikan sebagai kapel.[4]
Pada awal tahun 1973 Stasi Kota Baru resmi menjadi Paroki Keluarga Kudus Kota Baru. Karena kesulitan dalam mendapatkan IMB untuk pembangunan gereja (gedung), maka pada tahun 1976 dibangun Gedung Serbaguna Bina Karya; tempat ibadah menggunakan lantai 2 dengan kapasitas sekitar 400 orang, sementara lantai 1 digunakan untuk kegiatan sosial. Pada akhirnya IMB berhasil diperoleh dan pembangunan Gereja Keluarga Kudus, yang digunakan saat ini, dimulai dengan penancapan tiang pertama pada 9 Februari 2008 oleh Gubernur Kalbar Drs Cornelis MH dan pemberkatan oleh Uskup Agung Pontianak Mgr. Hieronymus Herculanus Bumbun, OFMCap.[4]
