Edy adalah seorang dosen PNS yang sejak 1986 dipekerjakan pada Fakultas Ekonomi UII. Ia juga mengajar program pascasarjana di UII, UGM, UNAIR, UMS,UIN Yogyakarta dll, selain menjadi peneliti senior pada Pusat Studi Ekonomi Kerakyatan UGM (2002-sekarang). Sebelumnya, Edy juga pernah menjadi peneliti pada Pusat Pembangunan Pedesaan dan Kawasan UGM (1983-1995), peneliti pada Leknas LIPI (1984), redaktur ekonomi Harian Kedaulatan Rakyat, dan Visiting Scholar di Monash University (1998).
Selain itu, Edy antaranya pernah menduduki jabatan sebagai Ketua Forum Rektor Indonesia (2008-2009), Ketua Dewan Pertimbangan Forum Rektor (2009-2010), Ketua Asosiasi Perguruan Tinggi Swasta Indonesia (2011-2015), Wakil Ketua Pengurus Pusat Ikatan Sarjana Ekonomi Indonesia (2009-2018), Anggota Dewan Penasehat Studi Ekonomi Pancasila Universitas Trilogi Jakarta (2014-2018),[3] dan juga Wakil Ketua Majelis Pendidikan Tinggi dan Litbang Pimpinan Pusat Muhammadiyah (2005-2020).[4]
Edy juga sempat mengemban beberapa jabatan publik, antaranya sebagai anggota Parampara PrajaDIY (2016-sekarang),[5] ketua Dewan Pengawas Bank Jogja (2011-2014),[6] anggota Tim Asistensi Menteri Keuangan Bidang Desentralisasi Fiskal (2011-2012), dan anggota Badan Perlindungan Konsumen Nasional (2009 - 2012).[7]
Di bidang swasta, Edy pernah menjadi Komisaris Independen PT Reasuransi Nasional Indonesia (2016-2019), Komisaris PT BPRS HIK MCI Yogyakarta (2015 -sekarang), dan Ketua Dewan Komisaris PT Global Prima Utama (2006-2014).
Masyarakat Ekonomi ASEAN dan Ekonomi Politik Indonesia (Ekonomika, 2015)
Dinamika Ekonomi Indonesia (UII Press, 2012)
Formula Alternatif untuk Dana Alokasi Umum (UII Press, 2005);
Ekonomi Indonesia: Dari Sentralisasi ke Desentralisasi (UII Press)
Sistem Ekonomi, Utang Luar Negeri, dan Isyu-isyu Ekonomi Politik Indonesia (Penerbit Ekonisia, 2001)
Perekonomian Indonesia: Masalah dan Kebijakan Kontemporer (UII Press, 2000)
Pada 2008 Edy juga menyusun dua modul perkuliahan Universitas Terbuka, masing-masing berjudul Sistem Ekonomi[10] dan Perekonomian Indonesia.[11] Selain itu, Edy pernah menyunting sejumlah buku, baik secara pribadi maupun bersama penulis lain:
Pemerintahan yang Bersih: Perspektif Hukum, Ekonomi, Politik dan Agama (2000);
Membangun Profesionalisme Muhammadiyah (bersama M. Syafar Nasir dan Muchlas Rowi, 2003);
