Suatu individu memiliki seperangkat gen dalam genomnya. Biasanya, alel-alel yang menyebabkan penurunan kebugaran akan tertutupi ekspresinya oleh alel-alel dengan pengaruh baik bagi kebugaran. Perkawinan sekerabat membuka peluang terbentuknya kondisi homozigot bagi alel-alel merugikan tersebut sehingga tidak tertutupi lagi ekspresinya. Mekanisme lainnya adalah tindak dominansi berlebih (overdominance) dari genotipe heterozigot pada banyak lokus. Perkawinan sekerabat menyebabkan penurunan kebugaran suatu populasi yang banyak bergenotipe homozigot, sekalipun ia tidak merugikan. Sampai sekarang, belum diketahui mekanisme mana yang lebih penting.
Secara umum, populasi dengan variasi genetik yang besar tidak akan mengalami depresi perkawinan sekerabat. Depresi ini sering kali merupakan akibat dari terjadinya "leher botol populasi". Depresi perkawinan sekerabat teramati pada banyak organisme, tetapi yang paling terlihat adalah pada spesies hermafrodit, terutama pada tumbuhan yang secara normal bersilang secara bebas. Sebagian besar tumbuh-tumbuhan adalah hermafrodit dan berkemampuan membuahi dirinya sendiri.
