Vòng loại, vòng 1/8 và trận chung kết: Các đội thi đấu theo thể thức loại trực tiếp 1 lượt trận.[5]
Vòng tứ kết và bán kết: Thi đấu theo thể thức loại trực tiếp hai lượt trận, có áp dụng luật bàn thắng sân khách.
Hai câu lạc bộ thua ở bán kết cùng đoạt giải Ba.[6]
Nếu kết quả hòa sau 90 phút thi đấu chính thức (hoặc sau khi xét tỷ số bàn thắng sân khách vẫn hòa nhau ở tứ kết và bán kết), hai đội sẽ thi đấu luân lưu 11m để xác định đội thắng.
Quy định trong trận đấu
Mỗi đội bóng đăng ký 11 cầu thủ thi đấu chính thức và 9 cầu thủ dự bị trong một trận đấu.
Nếu đội hạng Nhất gặp đội Ngoại hạng thì đội Ngoại hạng không được sử dụng ngoại binh. Còn nếu hai đội Ngoại hạng gặp nhau thì mỗi đội chỉ sử dụng tối đa 2 ngoại binh trên sân.
Mỗi đội được quyền thay đổi tối đa 3 cầu thủ trong trận đấu.
Tổng tỷ số là 3–3, Becamex Bình Dương thắng theo luật bàn thắng sân khách.
Trận chung kết
Trận chung kết của Cúp Quốc gia 2018 ban đầu được dự kiến được diễn ra trong hai lượt trận vào ngày 15 tháng 10 năm 2018. Tuy nhiên, sau sự qua đời của Trần Đại Quang và Đỗ Mười, lịch thi đấu các vòng 24, 25 và 26 của V.League 1 bị chuyển thời gian, dẫn đến ngày diễn ra các trận bán kết lượt về cũng bị thay đổi. Vì vậy, VPF đã quyết định tổ chức trận chung kết trong một lượt duy nhất.[9][10]
