Початок радянсько-німецької війни човен зустрів під командуванням капітана III рангу Немчинова Володимира Вікентійовича, який командував «Щ-203» з жовтня 1939 року, у складі Окремого навчального дивізіону ПЧ ЧФ в плановому ремонті в Севастополі.
1 липня1941 року ремонт був закінчений; підводний човен перейшов до місця свого постійного базування в Новоросійськ і вже 16 липня вийшов у свій перший бойовий похід. До кінця листопада «Щ-203» чотири рази виходив в море для несення дозору в районі південно-західніше Новоросійська, південніше Керченської протоки і для розвідки в районі Феодосії. У грудні «Щ-203» був залучений до участі в Керченсько-Феодосійській десантній операції.
До червня 1942 року човен виконував спецзавдання — 26 січня служив плавучим маяком для кораблів, що висаджували десант в Судаку. Надалі «Щ-203», продовжуючи діяти в Феодосійській затоці, проводив навігаційне забезпечення кораблів і вів розвідку узбережжя, неодноразово попадав під артобстріл і авіанальоти противника.
У середині червня «Щ-203» залучають до забезпечення захисників обложеного Севастополя. За два транспортних рейси підводний човен доставив до Криму 66 тонн боєприпасів, 30 тонн бензину і 7 чоловік. (За іншими даними в Севастополь перевезено 52 тонни боєприпасів, 8 тонн продовольства і 30 тонн бензину, евакуйовано на Кавказ 85 осіб).
28 серпня підводний човен встав на капремонт, який тривав до кінця березня 1943 року. Після вступу до ладу «Щ-203» діяв на комунікаціях противника біля північного виходу з Босфору і біля південного берега Криму.
В кінці 1949 року «Щ-203» був випадково виявлений на дні на глибині 72 метрів і обстежений водолазами. В ході огляду з'ясувалося, що в районі II—III відсіків субмарини корпус перебитий надвоє сильним вибухом, при цьому носова частина загнута по відношенню до діаметральної площини вправо на 70°, а в торпедних апаратах № 1 і № 4 відсутні торпеди.
У 1950 році кормова частина підводного човна була піднята, і після ретельного обстеження спеціальною комісією здана на злам. Останки знайдених при цьому членів екіпажу були поховані на цвинтарі Комунарів у Севастополі.
Разом з «Щ-203» загинули 45 людей. Весь екіпаж підводного човна в 1944 році був посмертно відзначений орденами Вітчизняної війни I і II ступеня.
Література
А. М. Чикин. Севастополь. Историко-литературный справочник. «Вебер». Севастополь. 2008. ISBN 978-966-335-102-5. стор. 318.(рос.)