Працював в Українському спеціальному науково-реставраційному виробничому управлінні Держбуду України. Від 1970 року — начальник науково-дослідних реставраційних відділів Львівської міжобласної спеціальної науково-реставраційної майстерні (установа після реорганізацій стала відома як інститут «Укрзахідпроектреставрація»). Співавтор низки реставраційних проєктів.
У 1983–1994 роках — директор Національного музею у Львові. Під керівництвом Новаківського створено низку нових філіалів музею. Зокрема у Львові — художньо-меморіальні музеї Леопольда Левицького, Івана Труша, Антона Манастирського. Організовано експозицію українського мистецтва у приміщенні на проспекті Свободи, 20. У Самборі — музей Леся Курбаса, в Трускавці — Михайла Біласа, садиба Устияновичів у Вовкові.
За свою діяльність відзначений численними нагородами та преміями.
Реставрація Свірзького замку та пристосування під Будинок творчості Спілки архітекторів (друга премія на конкурсі найкращих проєктів з містобудування та архітектури України у 1973).
Проєкти реставрації низки житлових кам'яниць у Львові. Зокрема на площі Ринок — № 2, 10, 19, 30, 37, 38, 41; на вулиці Ставропігійській, 1 (1981-1984). Проєкти впорядкування реклами та художніх вивісок на Ринку. Проєкти з комплексної реконструкції та пристосування навколоринкових кварталів.
