Заснований у 1945 році як Щецинський міський музей. Восени 1947 року набув краєзнавчого статусу і як Музей Західного Помор'я опікувався музеями західнопоморського краю. У 1970 році на знак визнання надрегіональної цінності його фондів ранг музею було підвищено до національного. У 1970-х Національний музей у Щецині збагатився на ще дві будівлі: Староміську ратушу, де створено Музей історії Щецина, і ліве крило будівлі колишньої комендатури гарнізону Щецинської фортеці, де нині розташовано Музей сучасного мистецтва.