Метагеноміка

Метагеномні підходи в мікробній екології^[en]

Метагеноміка (екологічна геноміка, метагеномний аналіз) — галузь генетики та мікробіології, що вивчає генетичний матеріал спільнот мікроорганізмів, отриманий безпосередньо зі зразків навколишнього середовища, таких як ґрунт, вода чи мікробіом тіла людини.[1]

Метагеномний аналіз, зазвичай, використовується для дослідження спільнот прокаріот, інколи вірусів[2], рідше еукаріот. Використовуючи передові технології секвенування та обчислювальні методи, метагеноміка розкриває повну картину колективної генетичної інформації, присутньої в мікробній спільноті, відомої як метагеном.

Значення метагеноміки поширюється на різні дисципліни, включаючи екологію[3][4][5], біотехнологію[6], медицину[1][7], агрономію[8][9] і науку про навколишнє середовище[10][11][12][13]. Метагеноміка дозволяє дослідникам відкривати нові гени, відкривати нові мікробні види, розуміти взаємодію спільноти, вивчати функції екосистеми та досліджувати роль мікробів у здоров’ї та хворобах людини, тварин та здоров'ї екосистем.

Крім того, метагеноміка розширила можливості для дослідження мікробних спільнот у різноманітних середовищах, проливаючи світло на їх фундаментальну роль у кругообігу поживних речовин, біоремедіації та підтримці екологічного балансу. У медицині це полегшило ідентифікацію мікробних біомаркерів, пов’язаних із захворюваннями, проклавши шлях для нових діагностичних інструментів, методів лікування та глибшого розуміння впливу людського мікробіому та, зокрема, мікробіоти кишки на здоров’я.

Історія

• Norman R. Pace — ПЛР вивчення різноманітності 16S рДНК бактерій в пробах навколишнього середовища.
• 1985 р. Norman R. Pace — Ідея прямого клонування ДНК з природного середовища.
• 1991 р. Norman R. Pace — Перший аналіз 16S рДНК угрупування морського пікопланктону шляхом клонування у фаговий вектор і секвенування.
• 1995 р. Healy, F. G — Виділення функціонально активних генів з сконструйованої метагеномної бібліотеки.
• 1996 р. E. F. DeLong — Започаткування створення метагеномних бібліотек 16S рДНК морських прокаріотів.
• 1998 р. Jo Handelsman — Перші успішні конструювання бібліотек з ґрунтової ДНК. Впровадження терміну «метагеноміка».

Принципи

Відбір і підготовка зразків

• Неізольовані зразки: на відміну від традиційних методів, які зосереджені на ізольованих культурах, метагеноміка передбачає збір генетичного матеріалу безпосередньо зі складних зразків навколишнього середовища, таких як ґрунт, вода або мікробіоми.
• Методи збереження: Належні методи збереження мають вирішальне значення для збереження цілісності генетичного матеріалу під час відбору зразків і транспортування.

Екстракція та секвенування ДНК

• Неупереджене виділення ДНК: Метою методів є виділення ДНК із різноманітних мікроорганізмів у зразку без упередження щодо конкретних видів чи типів.
• Технології секвенування: використання передових платформ секвенування (наприклад, секвенування наступного покоління^[en]) для аналізу генетичного матеріалу зі зразків, що дозволяє одночасно охарактеризувати всі геноми в спільноті.

Біоінформатика та аналіз даних

• Збірка та анотація: обчислювальні інструменти використовуються для збірки та анотації^[en] отриманих генетичних послідовностей, реконструкції окремих геномів зі складних сумішей.
• Таксономічне та функціональне профілювання: присвоєння таксономічної ідентичності та ідентифікація функціональних генів у наборі метагеномних даних за допомогою біоінформаційних алгоритмів[14][15].

Порівняльний аналіз та інтерпретація

• Порівняння наборів даних: порівняння наборів метагеномних даних у різних зразках або середовищах для виявлення подібностей, відмінностей і закономірностей у мікробних спільнотах.
• Екологічні та функціональні ідеї: отримання уявлень про екологію, функції та взаємодію мікробних спільнот у різноманітних середовищах.

Використання та інтеграція бази даних

• Довідкові бази даних: використання існуючих баз даних[15][16][17][18] і еталонних геномів для допомоги в ідентифікації та анотації послідовностей у метагеномних даних.
• Інтеграція багатьох джерел даних: включення інших даних -омік (метатранскриптоміка[19][20][21], метапротеоміка[22][23] тощо), щоб отримати більш повне розуміння мікробної спільноти та її діяльності.[24][25][26][27]

Експериментальна перевірка та подальші дослідження

• Експериментальне підтвердження: Проведення подальших досліджень, включаючи культивування конкретних організмів або цілеспрямовані експерименти, для підтвердження результатів і розуміння функціональної ролі ідентифікованих генів або мікробних популяцій.
• Поздовжні дослідження: Проведення поздовжніх досліджень для моніторингу змін у мікробних спільнотах з часом або у відповідь на фактори навколишнього середовища, стан здоров’я людини тощо.[28][29][30]

Застосування

Екологічні дослідження

• Мікробне різноманіття: характеристика мікробних спільнот у різних середовищах (ґрунт[8][9][31][32][33][34], прісні води[35], океани, стічні води[36], екстремальні середовища[37][38][39]) для розуміння біорізноманіття та динаміки екосистем.[36][40]
• Біогеохімічний цикл: вивчення ролі мікробів у кругообігу поживних речовин, поглинанні вуглецю та деградації забруднюючих речовин (біоремедіація).[41][42][35]

Здоров'я людини та медицина

• Дослідження мікробіома людини: вивчення складу та функції мікробних спільнот в організмі людини (кишечник, шкіра, ротова порожнина) та їх вплив на здоров’я та захворювання.[1][43][44][45][46]
• Біомаркери^[en] захворювань: ідентифікація мікробних сигнатур, пов’язаних із захворюваннями (наприклад, запальним захворюванням кишечника, ожирінням) для діагностичних і терапевтичних цілей.[47][48][49][50][7]

Сільське господарство, агрономія та харчова промисловість

• Взаємодія рослин і мікробів: вивчення мікробних спільнот у ґрунті та коренях рослин для підвищення продуктивності сільського господарства, стійкості до хвороб і поглинання поживних речовин.[51][52][53][54][55]
• Безпека та якість харчових продуктів: Оцінка мікробних спільнот у виробництві та переробці харчових продуктів для покращення заходів безпеки та контролю якості.[56][57]

Біотехнологія, біофармакологія та розробка ліків

• Ідентифікація нових ферментів: виявлення ферментів і біологічно активних сполук із різних мікробних спільнот для промислового застосування (біокаталіз).[6][58][59]
• Спостереження за резистентністю до антибіотиків: моніторинг і розуміння поширення та механізмів стійкості до антибіотиків у мікробних популяціях.[60][61][13]

Охорона навколишнього середовища та біоремедіація

• Біологічний розпад забруднювачів: визначення мікробних спільнот, здатних розкладати забруднювачі навколишнього середовища та розробка стратегій біоремедіації.[62][63][64] (див. також Біологічний окислювач)
• Відновлення екосистем: Оцінка мікробного різноманіття для відновлення та збереження екосистем у забруднених або порушених середовищах.[12][65]

Біоенергетика та відновлювані ресурси

• Виробництво біопалива: вивчення мікробних спільнот для розробки біопалива в біоенергетиці та циркулярній біоекономіці.[66][67][68] (див. також Мікробні паливні елементи[69][70])
• Переробка відходів: використання мікробних спільнот у процесах поводження з відходами та обробки для ефективного розкладання, наприклад, пластику[71][72], стічних вод[73][74], та всіх інших відходів.[75][76][77][78][79]

Еволюційні та екологічні дослідження

• Еволюційні зв'язки: розуміння еволюційних зв'язків між мікроорганізмами та їх адаптації до мінливого середовища.[80][81][82]
• Екологічні взаємодії: Дослідження взаємодії мікробів та їхньої ролі у формуванні екосистем і динаміки спільноти.[83][84][85]

Охорона здоров'я та епідеміологія

• Спостереження за патогенами: моніторинг і відстеження наявності та поширення патогенів у навколишньому середовищі та клінічних умовах для цілей епідеміології та охорони здоров’я.[86][87]

Біомедичні дослідження

• Фармакогеноміка: Виявлення мікробних факторів, що впливають на метаболізм ліків та ефективність для персоналізованих підходів до медицини.[88][89][90]
• Мікробна терапія[91]: розробка мікробної терапії (пребіотики, пробіотики, трансплантація фекальної мікробіоти[92][93][94]) для різних захворювань.[95][96][97]

Астробіологія та дослідження космосу

• Екстремальні середовища: вивчення екстремофілів і мікробного життя в екстремальних середовищах на Землі як аналогів потенційного позаземного життя.[37][38][39]
• Дослідження космосу: астробіологіна (астро-мікробіологічна^[en][98]) оцінка мікробного різноманіття та потенційних ризиків для здоров’я екіпажу в космічних кораблях.[99][100][101][102][103][104][105]

Методи

Традиційний метод

Секвенування за Сенгером найпоширеніший спосіб в наш час.

Вектори що використовуються для метагеномного аналізу:

• Штучні бактеріальні хромосоми (англ. bacterial artificial chromosome, BAC)
• Фазміди
• Невеликі вектори (shotgun сіквенс)

Нові методи

Нові методи секвенування, є дуже перспективними, вони швидко поширюються. Для них характерним є висока швидкість зчитування послідовності ДНК, і відсутність векторів.

• Піросеквенування по Ротбергу (454)
• Полоні-секвенування

Функціональна метагеноміка

метод метагеномного аналізу, який базується на визначенні клонів, що експресуються. Принцип функціонального якоря дозволяє ідентифікувати гени чию функцію неможливо визначити на основі послідовності ДНК

• Ідентифікація клонів, що проявляють відомі функції
• Характеристика генів відповідальних за функції
• Секвенування активних клонів і визначення філогенетичного функціонального і геномного контексту для функціональних генів

Див. також

• Геноміка
• Мікробіом
• Флора кишки
• Мультиоміка
• Оміксні технології

Додаткова література

Книги

• N. Hozzein, Wael, ред. (25 березня 2020). Metagenomics - Basics, Methods and Applications (англ., відкритий доступ по главам). IntechOpen. ISBN 978-1-83880-055-0.
• Streit, Wolfgang R.; Daniel, Rolf, ред. (2017). Metagenomics: Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology (англ.) 1539. Springer New York. ISBN 978-1-4939-6689-9.

Журнали

Деякі з наукових журналів, що висвітлюють дослідження метагеноміки:

• Microbiome (BioMed Central)
• Environmental Microbiology (Wiley-Blackwell)
• Applied and Environmental Microbiology (American Society for Microbiology)
• Environmental Microbiology Reports (Wiley-Blackwell)
• Environmental Microbiomes (BioMed Central)
• The ISME Journal (Nature Portfolio)
• mSystems (American Society for Microbiology)
• Genome Biology (BioMed Central)
• Frontiers in Microbiology (Frontiers Media)
• PLoS Computational Biology (Public Library of Science)
• BMC Genomics (BioMed Central)

Статті

• Підбірка статей Metagenomics (Nature Portfolio)
• Pavlopoulos, Georgios A.; Baltoumas, Fotis A.; Liu, Sirui та ін. (2023-10). Unraveling the functional dark matter through global metagenomics. Nature (англ.) 622 (7983). с. 594–602. doi:10.1038/s41586-023-06583-7.
• Chiu Charles Y.; Miller Steven A. (2019-06). Clinical metagenomics. Nature Reviews Genetics (англ.) 20 (6). с. 341–355. doi:10.1038/s41576-019-0113-7.
• Florian P Breitwieser, Jennifer Lu, Steven L Salzberg. (2019). A review of methods and databases for metagenomic classification and assembly. Briefing in Bioinformatics. doi:10.1093/bib/bbx120.

Примітки

1. Chiu, Charles Y.; Miller, Steven A. (2019-06). Clinical metagenomics. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 20, № 6. с. 341—355. doi:10.1038/s41576-019-0113-7. ISSN 1471-0064. PMC 6858796. PMID 30918369. Процитовано 11 червня 2023.
2. Slavov, Svetoslav Nanev (2022-11). Viral Metagenomics for Identification of Emerging Viruses in Transfusion Medicine. Viruses (англ.). Т. 14, № 11. с. 2448. doi:10.3390/v14112448. ISSN 1999-4915. PMC 9699440. PMID 36366546. Процитовано 20 грудня 2023.
3. Pérez-Cobas, Ana Elena; Gomez-Valero, Laura; Buchrieser, Carmen (2020). Metagenomic approaches in microbial ecology: an update on whole-genome and marker gene sequencing analyses. Microbial Genomics. Т. 6, № 8. с. e000409. doi:10.1099/mgen.0.000409. ISSN 2057-5858. PMC 7641418. PMID 32706331. Процитовано 20 грудня 2023.
4. Taş, Neslihan; de Jong, Anniek EE; Li, Yaoming; Trubl, Gareth; Xue, Yaxin; Dove, Nicholas C (1 лютого 2021). Metagenomic tools in microbial ecology research. Current Opinion in Biotechnology. Т. 67. с. 184—191. doi:10.1016/j.copbio.2021.01.019. ISSN 0958-1669. Процитовано 20 грудня 2023.
5. Vecherskii, M. V.; Semenov, M. V.; Lisenkova, A. A.; Stepankov, A. A. (2021-12). Metagenomics: A New Direction in Ecology. Biology Bulletin (англ.). Т. 48, № S3. с. S107—S117. doi:10.1134/S1062359022010150. ISSN 1062-3590. Процитовано 20 грудня 2023.
6. Prayogo, Fitra Adi; Budiharjo, Anto; Kusumaningrum, Hermin Pancasakti; Wijanarka, Wijanarka; Suprihadi, Agung; Nurhayati, Nurhayati (4 серпня 2020). Metagenomic applications in exploration and development of novel enzymes from nature: a review. Journal of Genetic Engineering and Biotechnology. Т. 18, № 1. с. 39. doi:10.1186/s43141-020-00043-9. ISSN 2090-5920. PMC 7403272. PMID 32749574. Процитовано 20 грудня 2023.
7. d’Humières, Camille; Salmona, Maud; Dellière, Sarah; Leo, Stefano; Rodriguez, Christophe; Angebault, Cécile; Alanio, Alexandre; Fourati, Slim; Lazarevic, Vladimir (2021-09). The Potential Role of Clinical Metagenomics in Infectious Diseases: Therapeutic Perspectives. Drugs (англ.). Т. 81, № 13. с. 1453—1466. doi:10.1007/s40265-021-01572-4. ISSN 0012-6667. PMC 8323086. PMID 34328626. Процитовано 20 грудня 2023.
8. N. Sabale, Shrinivas; P. Suryawanshi, Padmaja; P.U., Krishnaraj (25 березня 2020). N. Hozzein, Wael (ред.). Soil Metagenomics: Concepts and Applications. Metagenomics - Basics, Methods and Applications (англ.). IntechOpen. doi:10.5772/intechopen.88958. ISBN 978-1-83880-055-0.
9. Kaushik, Prashant; Singh Sandhu, Opinder; Singh Brar, Navjot; Kumar, Vivek; Singh Malhi, Gurdeep; Kesh, Hari; Saini, Ishan (28 липня 2021). Radhakrishnan, Ramalingam (ред.). Soil Metagenomics: Prospects and Challenges. Mycorrhizal Fungi - Utilization in Agriculture and Industry (англ.). IntechOpen. doi:10.5772/intechopen.93306. ISBN 978-1-83881-940-8.
10. Nowrotek, Monika; Jałowiecki, Łukasz; Harnisz, Monika; Płaza, Grażyna Anna (2019-06). Culturomics and metagenomics: In understanding of environmental resistome. Frontiers of Environmental Science & Engineering (англ.). Т. 13, № 3. doi:10.1007/s11783-019-1121-8. ISSN 2095-2201. Процитовано 20 грудня 2023.
11. Kawulok, Jolanta; Kawulok, Michal; Deorowicz, Sebastian (2019-12). Environmental metagenome classification for constructing a microbiome fingerprint. Biology Direct (англ.). Т. 14, № 1. doi:10.1186/s13062-019-0251-z. ISSN 1745-6150. PMC 6854650. PMID 31722729. Процитовано 20 грудня 2023.
12. Zhang, Lu; Chen, FengXin; Zeng, Zhan; Xu, Mengjiao; Sun, Fangfang; Yang, Liu; Bi, Xiaoyue; Lin, Yanjie; Gao, YuanJiao (2021). Advances in Metagenomics and Its Application in Environmental Microorganisms. Frontiers in Microbiology. Т. 12. doi:10.3389/fmicb.2021.766364. ISSN 1664-302X. PMC 8719654. PMID 34975791. Процитовано 20 грудня 2023.
13. Davis, Benjamin C.; Brown, Connor; Gupta, Suraj; Calarco, Jeannette; Liguori, Krista; Milligan, Erin; Harwood, Valerie J.; Pruden, Amy; Keenum, Ishi (2 жовтня 2023). Recommendations for the use of metagenomics for routine monitoring of antibiotic resistance in wastewater and impacted aquatic environments. Critical Reviews in Environmental Science and Technology (англ.). Т. 53, № 19. с. 1731—1756. doi:10.1080/10643389.2023.2181620. ISSN 1064-3389. Процитовано 20 грудня 2023.
14. Xu, Ruijie; Rajeev, Sreekumari; Salvador, Liliana C. M. (7 квіт. 2023 р.). The selection of software and database for metagenomics sequence analysis impacts the outcome of microbial profiling and pathogen detection. PLOS ONE (англ.). Т. 18, № 4. с. e0284031. doi:10.1371/journal.pone.0284031. ISSN 1932-6203. PMC 10081788. PMID 37027361. Процитовано 20 грудня 2023.
15. Xu, Ruijie; Rajeev, Sreekumari; Salvador, Liliana C. M. (7 квіт. 2023 р.). The selection of software and database for metagenomics sequence analysis impacts the outcome of microbial profiling and pathogen detection. PLOS ONE (англ.). Т. 18, № 4. с. e0284031. doi:10.1371/journal.pone.0284031. ISSN 1932-6203. PMC 10081788. PMID 37027361. Процитовано 20 грудня 2023.
16. Breitwieser, Florian P; Lu, Jennifer; Salzberg, Steven L (19 липня 2019). A review of methods and databases for metagenomic classification and assembly. Briefings in Bioinformatics (англ.). Т. 20, № 4. с. 1125—1136. doi:10.1093/bib/bbx120. ISSN 1467-5463. PMC 6781581. PMID 29028872. Процитовано 20 грудня 2023.
17. Shao, Li; Liao, Jie; Qian, Jingyang; Chen, Wenbin; Fan, Xiaohui (2021-12). MetaGeneBank: a standardized database to study deep sequenced metagenomic data from human fecal specimen. BMC Microbiology (англ.). Т. 21, № 1. doi:10.1186/s12866-021-02321-z. ISSN 1471-2180. PMC 8485520. PMID 34592929. Процитовано 20 грудня 2023.
18. Wang, Dapeng (2023). Mitra, Suparna (ред.). Metagenomics Databases for Bacteria. Metagenomic Data Analysis (англ.). New York, NY: Springer US. с. 55—67. doi:10.1007/978-1-0716-3072-3_3. ISBN 978-1-0716-3072-3.
19. Wang, Yanan; Hu, Yongfei; Gao, George Fu (1 березня 2020). Combining metagenomics and metatranscriptomics to study human, animal and environmental resistomes. Medicine in Microecology. Т. 3. с. 100014. doi:10.1016/j.medmic.2020.100014. ISSN 2590-0978. Процитовано 20 грудня 2023.
20. Wang, Yanan; Hu, Yongfei; Liu, Fei; Cao, Jian; Lv, Na; Zhu, Baoli; Zhang, Gaiping; Gao, George Fu (1 травня 2020). Integrated metagenomic and metatranscriptomic profiling reveals differentially expressed resistomes in human, chicken, and pig gut microbiomes. Environment International. Т. 138. с. 105649. doi:10.1016/j.envint.2020.105649. ISSN 0160-4120. Процитовано 20 грудня 2023.
21. Saenz, Carmen; Nigro, Eleonora; Gunalan, Vithiagaran; Arumugam, Manimozhiyan (2022). MIntO: A Modular and Scalable Pipeline For Microbiome Metagenomic and Metatranscriptomic Data Integration. Frontiers in Bioinformatics. Т. 2. doi:10.3389/fbinf.2022.846922. ISSN 2673-7647. PMC 9580859. PMID 36304282. Процитовано 20 грудня 2023.
22. Zhao, Ming; Zhang, Dong-lian; Su, Xiao-qin; Duan, Shuang-mei; Wan, Jin-qiong; Yuan, Wen-xia; Liu, Ben-ying; Ma, Yan; Pan, Ying-hong (14 травня 2015). An Integrated Metagenomics/Metaproteomics Investigation of the Microbial Communities and Enzymes in Solid-state Fermentation of Pu-erh tea. Scientific Reports (англ.). Т. 5, № 1. с. 10117. doi:10.1038/srep10117. ISSN 2045-2322. Процитовано 20 грудня 2023.
23. Liu, Chao; Huang, Haining; Duan, Xu; Chen, Yinguang (2 листопада 2021). Integrated Metagenomic and Metaproteomic Analyses Unravel Ammonia Toxicity to Active Methanogens and Syntrophs, Enzyme Synthesis, and Key Enzymes in Anaerobic Digestion. Environmental Science & Technology (англ.). Т. 55, № 21. с. 14817—14827. doi:10.1021/acs.est.1c00797. ISSN 0013-936X. Процитовано 20 грудня 2023.
24. Shi, Yanmei; Tyson, Gene W.; Eppley, John M.; DeLong, Edward F. (2011-06). Integrated metatranscriptomic and metagenomic analyses of stratified microbial assemblages in the open ocean. The ISME Journal (англ.). Т. 5, № 6. с. 999—1013. doi:10.1038/ismej.2010.189. ISSN 1751-7370. Процитовано 20 грудня 2023.
25. Aguiar-Pulido, Vanessa; Huang, Wenrui; Suarez-Ulloa, Victoria; Cickovski, Trevor; Mathee, Kalai; Narasimhan, Giri (2016-01). Metagenomics, Metatranscriptomics, and Metabolomics Approaches for Microbiome Analysis: Supplementary Issue: Bioinformatics Methods and Applications for Big Metagenomics Data. Evolutionary Bioinformatics (англ.). Т. 12s1. с. EBO.S36436. doi:10.4137/EBO.S36436. ISSN 1176-9343. PMC 4869604. PMID 27199545. Процитовано 20 грудня 2023.
26. Herold, Malte; Martínez Arbas, Susana; Narayanasamy, Shaman; Sheik, Abdul R.; Kleine-Borgmann, Luise A. K.; Lebrun, Laura A.; Kunath, Benoît J.; Roume, Hugo; Bessarab, Irina (19 жовтня 2020). Integration of time-series meta-omics data reveals how microbial ecosystems respond to disturbance. Nature Communications (англ.). Т. 11, № 1. с. 5281. doi:10.1038/s41467-020-19006-2. ISSN 2041-1723. Процитовано 20 грудня 2023.
27. Schiml, Valerie C.; Delogu, Francesco; Kumar, Praveen; Kunath, Benoit; Batut, Bérénice; Mehta, Subina; Johnson, James E.; Grüning, Björn; Pope, Phillip B. (7 липня 2023). Integrative meta-omics in Galaxy and beyond. Environmental Microbiome (англ.). Т. 18, № 1. doi:10.1186/s40793-023-00514-9. ISSN 2524-6372. PMC 10329324. PMID 37420292. Процитовано 20 грудня 2023.
28. Kodikara, Saritha; Ellul, Susan; Lê Cao, Kim-Anh (14 липня 2022). Statistical challenges in longitudinal microbiome data analysis. Briefings in Bioinformatics. Т. 23, № 4. doi:10.1093/bib/bbac273. ISSN 1467-5463. PMC 9294433. PMID 35830875. Процитовано 20 грудня 2023.
29. Luo, Dan; Liu, Wenwei; Chen, Tian; An, Lingling (2022-07). A Distribution-Free Model for Longitudinal Metagenomic Count Data. Genes (англ.). Т. 13, № 7. с. 1183. doi:10.3390/genes13071183. ISSN 2073-4425. PMC 9316307. PMID 35885966. Процитовано 20 грудня 2023.
30. Porcellato, Davide; Pierce, Emily C.; Dinh, Cong B.; Portik, Daniel; Hall, Richard; Ashby, Meredith; Dutton, Rachel J. (23 лютого 2023). Cotter, Paul D. (ред.). Longitudinal, Multi-Platform Metagenomics Yields a High-Quality Genomic Catalog and Guides an In Vitro Model for Cheese Communities. mSystems (англ.). Т. 8, № 1. doi:10.1128/msystems.00701-22. ISSN 2379-5077. PMC 9948695. PMID 36622155. Процитовано 20 грудня 2023.
31. Feng, Gang; Xie, Tian; Wang, Xin; Bai, Jiuyuan; Tang, Lin; Zhao, Hai; Wei, Wei; Wang, Maolin; Zhao, Yun (2018-12). Metagenomic analysis of microbial community and function involved in cd-contaminated soil. BMC Microbiology (англ.). Т. 18, № 1. doi:10.1186/s12866-018-1152-5. ISSN 1471-2180. PMC 5812035. PMID 29439665. Процитовано 20 грудня 2023.
32. Effendi, Y; Pambudi, A.; Sasaerila, Y.; WijiHastuti, R. S. (1 грудня 2019). Metagenomic analysis of diversity and composition of soil bacteria under intercropping system Hevea brasiliensis and Canna indica. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science. Т. 391, № 1. с. 012023. doi:10.1088/1755-1315/391/1/012023. ISSN 1755-1307. Процитовано 20 грудня 2023.
33. Chen, Huaihai; Ma, Kayan; Lu, Caiyan; Fu, Qi; Qiu, Yingbo; Zhao, Jiayi; Huang, Yu; Yang, Yuchun; Schadt, Christopher W. (2022). Functional Redundancy in Soil Microbial Community Based on Metagenomics Across the Globe. Frontiers in Microbiology. Т. 13. doi:10.3389/fmicb.2022.878978. ISSN 1664-302X. PMC 9108720. PMID 35586865. Процитовано 20 грудня 2023.
34. Singh, Nidhi; Singh, Veer; Rai, Sachchida Nand; Vamanu, Emanuel; Singh, Mohan P. (2022-12). Metagenomic Analysis of Garden Soil-Derived Microbial Consortia and Unveiling Their Metabolic Potential in Mitigating Toxic Hexavalent Chromium. Life (англ.). Т. 12, № 12. с. 2094. doi:10.3390/life12122094. ISSN 2075-1729. PMC 9781466. PMID 36556458. Процитовано 20 грудня 2023.
35. Zhao, Aiwen; Lu, Yuntao; Li, Qi; Li, Tao; Zhao, Jindong (2023). Metagenomics reveals the diversity and role of surface-water microbes in biogeochemical cycles in lakes at different terrain ladders. Frontiers in Environmental Science. Т. 11. doi:10.3389/fenvs.2023.1121775. ISSN 2296-665X. Процитовано 20 грудня 2023.
36. Azli, Bahiyah; Razak, Mohd Nasharudin; Omar, Abdul Rahman; Mohd Zain, Nor Azimah; Abdul Razak, Fatimah; Nurulfiza, I. (2022). Metagenomics Insights Into the Microbial Diversity and Microbiome Network Analysis on the Heterogeneity of Influent to Effluent Water. Frontiers in Microbiology. Т. 13. doi:10.3389/fmicb.2022.779196. ISSN 1664-302X. PMC 9048743. PMID 35495647. Процитовано 20 грудня 2023.
37. Lewin, Anna; Wentzel, Alexander; Valla, Svein (1 червня 2013). Metagenomics of microbial life in extreme temperature environments. Current Opinion in Biotechnology. Т. 24, № 3. с. 516—525. doi:10.1016/j.copbio.2012.10.012. ISSN 0958-1669. Процитовано 20 грудня 2023.
38. Cowan, DA; Ramond, J-B; Makhalanyane, TP; De Maayer, P (1 червня 2015). Metagenomics of extreme environments. Current Opinion in Microbiology. Т. 25. с. 97—102. doi:10.1016/j.mib.2015.05.005. ISSN 1369-5274. Процитовано 20 грудня 2023.
39. M. Shuikan, Ahmed; M. Alshuwaykan, Rakan; A. Arif, Ibrahim (3 травня 2023). Najjari, Afef (ред.). The Role of Metagenomic Approaches in the Analysis of Microbial Community in Extreme Environment. Life in Extreme Environments - Diversity, Adaptability and Valuable Resources of Bioactive Molecules (англ.). IntechOpen. doi:10.5772/intechopen.108050. ISBN 978-1-80356-818-8.
40. Nam, Nguyen Nhat; Do, Hoang Dang Khoa; Loan Trinh, Kieu The; Lee, Nae Yoon (2023-01). Metagenomics: An Effective Approach for Exploring Microbial Diversity and Functions. Foods (англ.). Т. 12, № 11. с. 2140. doi:10.3390/foods12112140. ISSN 2304-8158. PMC 10252221. PMID 37297385. Процитовано 20 грудня 2023.
41. Ghosh, Shreya; Das, Alok Prasad (29 травня 2018). Metagenomic insights into the microbial diversity in manganese-contaminated mine tailings and their role in biogeochemical cycling of manganese. Scientific Reports (англ.). Т. 8, № 1. с. 8257. doi:10.1038/s41598-018-26311-w. ISSN 2045-2322. Процитовано 20 грудня 2023.
42. Xue, Chun-Xu; Lin, Heyu; Zhu, Xiao-Yu; Liu, Jiwen; Zhang, Yunhui; Rowley, Gary; Todd, Jonathan D.; Li, Meng; Zhang, Xiao-Hua (2 серпня 2021). DiTing: A Pipeline to Infer and Compare Biogeochemical Pathways From Metagenomic and Metatranscriptomic Data. Frontiers in Microbiology. Т. 12. doi:10.3389/fmicb.2021.698286. ISSN 1664-302X. PMC 8367434. PMID 34408730. Процитовано 20 грудня 2023.
43. Wang, Wei-Lin; Xu, Shao-Yan; Ren, Zhi-Gang; Tao, Liang; Jiang, Jian-Wen; Zheng, Shu-Sen (21 січня 2015). Application of metagenomics in the human gut microbiome. World Journal of Gastroenterology (англ.). Т. 21, № 3. с. 803—814. doi:10.3748/wjg.v21.i3.803. PMC 4299332. PMID 25624713. Процитовано 20 грудня 2023.
44. Malla, Muneer Ahmad; Dubey, Anamika; Kumar, Ashwani; Yadav, Shweta; Hashem, Abeer; Abd_Allah, Elsayed Fathi (2019). Exploring the Human Microbiome: The Potential Future Role of Next-Generation Sequencing in Disease Diagnosis and Treatment. Frontiers in Immunology. Т. 9. doi:10.3389/fimmu.2018.02868. ISSN 1664-3224. PMC 6330296. PMID 30666248. Процитовано 20 грудня 2023.
45. Szóstak, Natalia; Szymanek, Agata; Havránek, Jan; Tomela, Katarzyna; Rakoczy, Magdalena; Samelak-Czajka, Anna; Schmidt, Marcin; Figlerowicz, Marek; Majta, Jan (19 травня 2022). The standardisation of the approach to metagenomic human gut analysis: from sample collection to microbiome profiling. Scientific Reports (англ.). Т. 12, № 1. с. 8470. doi:10.1038/s41598-022-12037-3. ISSN 2045-2322. Процитовано 20 грудня 2023.
46. Puig-Castellví, Francesc; Pacheco-Tapia, Romina; Deslande, Maxime; Jia, Manyi; Andrikopoulos, Petros; Chechi, Kanta; Bonnefond, Amélie; Froguel, Philippe; Dumas, Marc-Emmanuel (1 жовтня 2023). Advances in the integration of metabolomics and metagenomics for human gut microbiome and their clinical applications. TrAC Trends in Analytical Chemistry. Т. 167. с. 117248. doi:10.1016/j.trac.2023.117248. ISSN 0165-9936. Процитовано 20 грудня 2023.
47. Segata, Nicola; Izard, Jacques; Waldron, Levi; Gevers, Dirk; Miropolsky, Larisa; Garrett, Wendy S.; Huttenhower, Curtis (24 червня 2011). Metagenomic biomarker discovery and explanation. Genome Biology. Т. 12, № 6. с. R60. doi:10.1186/gb-2011-12-6-r60. ISSN 1474-760X. PMC 3218848. PMID 21702898. Процитовано 20 грудня 2023.
48. Wu, Honglong; Cai, Lihua; Li, Dongfang; Wang, Xinying; Zhao, Shancen; Zou, Fuhao; Zhou, Ke (11 січня 2018). Metagenomics Biomarkers Selected for Prediction of Three Different Diseases in Chinese Population. BioMed Research International (англ.). Т. 2018. с. e2936257. doi:10.1155/2018/2936257. ISSN 2314-6133. PMC 5820663. PMID 29568746. Процитовано 20 грудня 2023.
49. Qian, Yiwei; Yang, Xiaodong; Xu, Shaoqing; Huang, Pei; Li, Binyin; Du, Juanjuan; He, Yixi; Su, Binghua; Xu, Li-Ming (1 серпня 2020). Gut metagenomics-derived genes as potential biomarkers of Parkinson’s disease. Brain. Т. 143, № 8. с. 2474—2489. doi:10.1093/brain/awaa201. ISSN 0006-8950. Процитовано 20 грудня 2023.
50. Alshawaqfeh, Mustafa; Rababah, Salahelden; Hayajneh, Abdullah; Gharaibeh, Ammar; Serpedin, Erchin (28 грудня 2022). MetaAnalyst: a user-friendly tool for metagenomic biomarker detection and phenotype classification. BMC Medical Research Methodology (англ.). Т. 22, № 1. doi:10.1186/s12874-022-01812-5. ISSN 1471-2288. PMC 9795700. PMID 36577938. Процитовано 20 грудня 2023.
51. Fadiji, Ayomide Emmanuel; Babalola, Olubukola Oluranti (1 березня 2020). Metagenomics methods for the study of plant-associated microbial communities: A review. Journal of Microbiological Methods. Т. 170. с. 105860. doi:10.1016/j.mimet.2020.105860. ISSN 0167-7012. Процитовано 20 грудня 2023.
52. Nwachukwu, Blessing Chidinma; Babalola, Olubukola Oluranti (2022). Metagenomics: A Tool for Exploring Key Microbiome With the Potentials for Improving Sustainable Agriculture. Frontiers in Sustainable Food Systems. Т. 6. doi:10.3389/fsufs.2022.886987. ISSN 2571-581X. Процитовано 20 грудня 2023.
53. Iquebal, Mir Asif; Jagannadham, Jaisri; Jaiswal, Sarika; Prabha, Ratna; Rai, Anil; Kumar, Dinesh (2022). Potential Use of Microbial Community Genomes in Various Dimensions of Agriculture Productivity and Its Management: A Review. Frontiers in Microbiology. Т. 13. doi:10.3389/fmicb.2022.708335. ISSN 1664-302X. PMC 9152772. PMID 35655999. Процитовано 20 грудня 2023.
54. Molefe, Rebaona R.; Amoo, Adenike E.; Babalola, Olubukola O. (2023-07). Communication between plant roots and the soil microbiome; involvement in plant growth and development. Symbiosis (англ.). Т. 90, № 3. с. 231—239. doi:10.1007/s13199-023-00941-9. ISSN 0334-5114. Процитовано 20 грудня 2023.
55. Nadarajah, Kalaivani; Abdul Rahman, Nur Sabrina Natasha (2023-01). The Microbial Connection to Sustainable Agriculture. Plants (англ.). Т. 12, № 12. с. 2307. doi:10.3390/plants12122307. ISSN 2223-7747. PMC 10303550. PMID 37375932. Процитовано 20 грудня 2023.
56. Billington, Craig; Kingsbury, Joanne M.; Rivas, Lucia (1 березня 2022). Metagenomics Approaches for Improving Food Safety: A Review. Journal of Food Protection. Т. 85, № 3. с. 448—464. doi:10.4315/JFP-21-301. ISSN 0362-028X. Процитовано 20 грудня 2023.
57. Srinivas, Meghana; O’Sullivan, Orla; Cotter, Paul D.; Sinderen, Douwe van; Kenny, John G. (2022-01). The Application of Metagenomics to Study Microbial Communities and Develop Desirable Traits in Fermented Foods. Foods (англ.). Т. 11, № 20. с. 3297. doi:10.3390/foods11203297. ISSN 2304-8158. PMC 9601669. PMID 37431045. Процитовано 20 грудня 2023.
58. Berini, Francesca; Casciello, Carmine; Marcone, Giorgia Letizia; Marinelli, Flavia (15 листопада 2017). Metagenomics: novel enzymes from non-culturable microbes. FEMS Microbiology Letters (англ.). Т. 364, № 21. doi:10.1093/femsle/fnx211. ISSN 1574-6968. Процитовано 20 грудня 2023.
59. Patel, Tithi; Chaudhari, Hiral G.; Prajapati, Vimalkumar; Patel, Swati; Mehta, Vaibhavkumar; Soni, Niti (2022). A brief account on enzyme mining using metagenomic approach. Frontiers in Systems Biology. Т. 2. doi:10.3389/fsysb.2022.1046230. ISSN 2674-0702. Процитовано 20 грудня 2023.
60. de Abreu, Vinicius A. C.; Perdigão, José; Almeida, Sintia (2021). Metagenomic Approaches to Analyze Antimicrobial Resistance: An Overview. Frontiers in Genetics. Т. 11. doi:10.3389/fgene.2020.575592. ISSN 1664-8021. PMC 7848172. PMID 33537056. Процитовано 20 грудня 2023.
61. Pillay, Stephanie; Calderón-Franco, David; Urhan, Aysun; Abeel, Thomas (2 грудня 2022). Metagenomic-based surveillance systems for antibiotic resistance in non-clinical settings. Frontiers in Microbiology. Т. 13. doi:10.3389/fmicb.2022.1066995. ISSN 1664-302X. PMC 9755710. PMID 36532424. Процитовано 20 грудня 2023.
62. Hidalgo, Kelly J.; Sierra-Garcia, Isabel N.; Dellagnezze, Bruna M.; de Oliveira, Valéria Maia (2020). Metagenomic Insights Into the Mechanisms for Biodegradation of Polycyclic Aromatic Hydrocarbons in the Oil Supply Chain. Frontiers in Microbiology. Т. 11. doi:10.3389/fmicb.2020.561506. ISSN 1664-302X. PMC 7530279. PMID 33072021. Процитовано 20 грудня 2023.
63. Hauptfeld, Ernestina; Pelkmans, Jordi; Huisman, Terry T.; Anocic, Armin; Snoek, Basten L.; von Meijenfeldt, F. A. Bastiaan; Gerritse, Jan; van Leeuwen, Johan; Leurink, Gert (1 серпня 2022). A metagenomic portrait of the microbial community responsible for two decades of bioremediation of poly-contaminated groundwater. Water Research. Т. 221. с. 118767. doi:10.1016/j.watres.2022.118767. ISSN 0043-1354. Процитовано 20 грудня 2023.
64. Offiong, Nnanake-Abasi O.; Edet, John B.; Shaibu, Solomon E.; Akan, Nyaknno E.; Atakpa, Edidiong O.; Sanganyado, Edmond; Okop, Imeh J.; Benson, Nsikak U.; Okoh, Anthony (2023). Metagenomics: an emerging tool for the chemistry of environmental remediation. Frontiers in Environmental Chemistry. Т. 4. doi:10.3389/fenvc.2023.1052697. ISSN 2673-4486. Процитовано 20 грудня 2023.
65. Breed, Martin F.; Harrison, Peter A.; Blyth, Colette; Byrne, Margaret; Gaget, Virginie; Gellie, Nicholas J. C.; Groom, Scott V. C.; Hodgson, Riley; Mills, Jacob G. (2019-10). The potential of genomics for restoring ecosystems and biodiversity. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 20, № 10. с. 615—628. doi:10.1038/s41576-019-0152-0. ISSN 1471-0064. Процитовано 20 грудня 2023.
66. Wang, Hongling; Hart, Darren J.; An, Yingfeng (2019-09). Functional Metagenomic Technologies for the Discovery of Novel Enzymes for Biomass Degradation and Biofuel Production. BioEnergy Research (англ.). Т. 12, № 3. с. 457—470. doi:10.1007/s12155-019-10005-w. ISSN 1939-1234. Процитовано 20 грудня 2023.
67. Pabbathi, Ninian Prem Prashanth; Velidandi, Aditya; Tavarna, Tanvi; Gupta, Shreyash; Raj, Ram Sarvesh; Gandam, Pradeep Kumar; Baadhe, Rama Raju (2023-01). Role of metagenomics in prospecting novel endoglucanases, accentuating functional metagenomics approach in second-generation biofuel production: a review. Biomass Conversion and Biorefinery (англ.). Т. 13, № 2. с. 1371—1398. doi:10.1007/s13399-020-01186-y. ISSN 2190-6815. PMC 7790359. PMID 33437563. Процитовано 20 грудня 2023.
68. Sartaj, Km; Patel, Alok; Matsakas, Leonidas; Prasad, Ramasare (2022-11). Unravelling Metagenomics Approach for Microbial Biofuel Production. Genes (англ.). Т. 13, № 11. с. 1942. doi:10.3390/genes13111942. ISSN 2073-4425. PMC 9689425. PMID 36360179. Процитовано 20 грудня 2023.
69. Wu, Yicheng; Zhou, Zhuoyi; Fu, Haiyan; Zhang, Peng; Zheng, Yue (10 листопада 2022). Metagenomic analysis of microbial community and gene function of anodic biofilm for nonylphenol removal in microbial fuel cells. Journal of Cleaner Production. Т. 374. с. 133895. doi:10.1016/j.jclepro.2022.133895. ISSN 0959-6526. Процитовано 20 грудня 2023.
70. Wang, Yifei; Li, Dongpeng; Song, Xinshan; Cao, Xin; Xu, Zhongshuo; Huang, Wei; Wang, Yuhui; Wang, Zhiwei; Sand, Wolfgang (1 травня 2022). Intensifying anoxic ammonium removal by manganese ores and granular active carbon fillings in constructed wetland-microbial fuel cells: Metagenomics reveals functional genes and microbial mechanisms. Bioresource Technology. Т. 352. с. 127114. doi:10.1016/j.biortech.2022.127114. ISSN 0960-8524. Процитовано 20 грудня 2023.
71. Jahanshahi, Donya Afshar; Ariaeenejad, Shohreh; Kavousi, Kaveh (25 вересня 2023). A metagenomic catalog for exploring the plastizymes landscape covering taxa, genes, and proteins. Scientific Reports (англ.). Т. 13, № 1. с. 16029. doi:10.1038/s41598-023-43042-9. ISSN 2045-2322. Процитовано 20 грудня 2023.
72. Zhou, Lei; Sang, Shilei; Li, Jiajie; Li, Yusen; Wang, Dapeng; Gan, Lihong; Zhao, Zelong; Wang, Jun (15 серпня 2023). From waste to resource: Metagenomics uncovers the molecular ecological resources for plastic degradation in estuaries of South China. Water Research. Т. 242. с. 120270. doi:10.1016/j.watres.2023.120270. ISSN 0043-1354. Процитовано 20 грудня 2023.
73. Rosso, Gretchen E.; Muday, Jeffrey A.; Curran, James F. (2018-03). Tools for Metagenomic Analysis at Wastewater Treatment Plants: Application to a Foaming Episode: Rosso et al. Water Environment Research (англ.). Т. 90, № 3. с. 258—268. doi:10.2175/106143017X15054988926352. ISSN 1061-4303. Процитовано 20 грудня 2023.
74. Chen, Geng; Bai, Rui; Zhang, Yiqing; Zhao, Biyi; Xiao, Yong (10 лютого 2022). Application of metagenomics to biological wastewater treatment. Science of The Total Environment. Т. 807. с. 150737. doi:10.1016/j.scitotenv.2021.150737. ISSN 0048-9697. Процитовано 20 грудня 2023.
75. Annavajhala, Medini; Fanyin-Martin, Ato; Taher, Edris; Elk, Michael; Kapoor, Vikram; Santo-Domingo, Jorge; Chandran, Kartik (1 січня 2017). Metagenomics of Anaerobic Food Waste Fermentation. Proceedings of the Water Environment Federation (англ.). Т. 2017, № 7. с. 4041—4047. doi:10.2175/193864717822156181. ISSN 1938-6478. Архів оригіналу за 1 березня 2022. Процитовано 20 грудня 2023.
76. Zhang, Jingxin; Mao, Liwei; Zhang, Le; Loh, Kai-Chee; Dai, Yanjun; Tong, Yen Wah (12 вересня 2017). Metagenomic insight into the microbial networks and metabolic mechanism in anaerobic digesters for food waste by incorporating activated carbon. Scientific Reports (англ.). Т. 7, № 1. с. 11293. doi:10.1038/s41598-017-11826-5. ISSN 2045-2322. Процитовано 20 грудня 2023.
77. Thakur, Karnika; Chownk, Manisha; Kumar, Varun; Purohit, Anjali; Vashisht, Alokika; Kumar, Vinod; Yadav, Sudesh Kumar (2020-03). Bioprospecting potential of microbial communities in solid waste landfills for novel enzymes through metagenomic approach. World Journal of Microbiology and Biotechnology (англ.). Т. 36, № 3. doi:10.1007/s11274-020-02812-7. ISSN 0959-3993. Процитовано 20 грудня 2023.
78. Deng, Chunfang; Zhao, Renxin; Qiu, Zhiguang; Li, Bing; Zhang, Tong; Guo, Feng; Mu, Rong; Wu, Yang; Qiao, Xuejiao (10 квітня 2022). Genome-centric metagenomics provides new insights into the microbial community and metabolic potential of landfill leachate microbiota. Science of The Total Environment. Т. 816. с. 151635. doi:10.1016/j.scitotenv.2021.151635. ISSN 0048-9697. Процитовано 20 грудня 2023.
79. Zhang, Siying; Liang, Chengyu; Xiao, Mengyao; Chui, Chunmeng; Wang, Na; Ji, Yuji; Wang, Zhi; Shi, Jiping; Liu, Li (1 жовтня 2023). Metagenomic characterization of the enhanced performance of multicomponent synergistic thermophilic anaerobic co-digestion of food waste utilizing kitchen waste or garden waste as co-substrate. Water Research. Т. 244. с. 120457. doi:10.1016/j.watres.2023.120457. ISSN 0043-1354. Процитовано 20 грудня 2023.
80. Toulza, Eve; Blanc-Mathieu, Romain; Gourbière, Sébastien; Piganeau, Gwenael (1 січня 2012). Piganeau, Gwenaël (ред.). Chapter Ten - Environmental and Evolutionary Genomics of Microbial Algae: Power and Challenges of Metagenomics. Advances in Botanical Research. Т. 64. Academic Press. с. 383—427. doi:10.1016/b978-0-12-391499-6.00010-4.
81. Vidulin, Vedrana; Šmuc, Tomislav; Džeroski, Sašo; Supek, Fran (2018-12). The evolutionary signal in metagenome phyletic profiles predicts many gene functions. Microbiome (англ.). Т. 6, № 1. doi:10.1186/s40168-018-0506-4. ISSN 2049-2618. PMC 6040064. PMID 29991352. Процитовано 20 грудня 2023.
82. Czech, Lucas; Stamatakis, Alexandros; Dunthorn, Micah; Barbera, Pierre (2022). Metagenomic Analysis Using Phylogenetic Placement—A Review of the First Decade. Frontiers in Bioinformatics. Т. 2. doi:10.3389/fbinf.2022.871393. ISSN 2673-7647. PMC 9580882. PMID 36304302. Процитовано 20 грудня 2023.
83. Madrigal-Trejo, David; Sánchez-Pérez, Jazmín; Espinosa-Asuar, Laura; Valdivia-Anistro, Jorge A.; Eguiarte, Luis E.; Souza, Valeria (2023-11). A Metagenomic Time-Series Approach to Assess the Ecological Stability of Microbial Mats in a Seasonally Fluctuating Environment. Microbial Ecology (англ.). Т. 86, № 4. с. 2252—2270. doi:10.1007/s00248-023-02231-9. ISSN 0095-3628. PMC 10640475. PMID 37393557. Процитовано 20 грудня 2023.
84. Picot, Aurore; Shibasaki, Shota; Meacock, Oliver J; Mitri, Sara (1 жовтня 2023). Microbial interactions in theory and practice: when are measurements compatible with models?. Current Opinion in Microbiology. Т. 75. с. 102354. doi:10.1016/j.mib.2023.102354. ISSN 1369-5274. Процитовано 20 грудня 2023.
85. Delogu, Francesco; Kunath, Benoit J.; Queirós, Pedro M.; Halder, Rashi; Lebrun, Laura A.; Pope, Phillip B.; May, Patrick; Widder, Stefanie; Muller, Emilie E. L. (13 листопада 2023). Forecasting the dynamics of a complex microbial community using integrated meta-omics. Nature Ecology & Evolution (англ.). с. 1—13. doi:10.1038/s41559-023-02241-3. ISSN 2397-334X. Процитовано 20 грудня 2023.
86. Miller, Ruth R; Montoya, Vincent; Gardy, Jennifer L; Patrick, David M; Tang, Patrick (2013). Metagenomics for pathogen detection in public health. Genome Medicine (англ.). Т. 5, № 9. с. 81. doi:10.1186/gm485. ISSN 1756-994X. PMC 3978900. PMID 24050114. Процитовано 20 грудня 2023.
87. Ko, Karrie K. K.; Chng, Kern Rei; Nagarajan, Niranjan (2022-04). Metagenomics-enabled microbial surveillance. Nature Microbiology (англ.). Т. 7, № 4. с. 486—496. doi:10.1038/s41564-022-01089-w. ISSN 2058-5276. Процитовано 20 грудня 2023.
88. Doestzada, Marwah; Vila, Arnau Vich; Zhernakova, Alexandra; Koonen, Debby P. Y.; Weersma, Rinse K.; Touw, Daan J.; Kuipers, Folkert; Wijmenga, Cisca; Fu, Jingyuan (28 квітня 2018). Pharmacomicrobiomics: a novel route towards personalized medicine?. Protein & Cell. Т. 9, № 5. с. 432—445. doi:10.1007/s13238-018-0547-2. ISSN 1674-800X. PMC 5960471. PMID 29705929. Процитовано 20 грудня 2023.
89. Zhao, Qing; Chen, Yao; Huang, Weihua; Zhou, Honghao; Zhang, Wei (9 жовтня 2023). Drug-microbiota interactions: an emerging priority for precision medicine. Signal Transduction and Targeted Therapy (англ.). Т. 8, № 1. с. 1—27. doi:10.1038/s41392-023-01619-w. ISSN 2059-3635. Процитовано 20 грудня 2023.
90. Cai, Jingwei; Auster, Alexis; Cho, Sungjoon; Lai, Zijuan (1 жовтня 2023). Dissecting the human gut microbiome to better decipher drug liability: A once-forgotten organ takes center stage. Journal of Advanced Research. Т. 52. с. 171—201. doi:10.1016/j.jare.2023.07.002. ISSN 2090-1232. PMC 10555929. PMID 37419381. Процитовано 20 грудня 2023.
91. Nar Singh Chauhan and Suneel Kumar (2023). Microbiome Therapeutics. Elsevier. doi:10.1016/c2021-0-01533-9. ISBN 978-0-323-99336-4.
92. Nigam, Manisha; Panwar, Abhaya Shikhar; Singh, Rahul Kunwar (2022). Orchestrating the fecal microbiota transplantation: Current technological advancements and potential biomedical application. Frontiers in Medical Technology. Т. 4. doi:10.3389/fmedt.2022.961569. ISSN 2673-3129. PMC 9535080. PMID 36212607. Процитовано 20 грудня 2023.
93. Wang, Xiaoli; Zhao, Jingwen; Feng, Yuanhang; Feng, Zelin; Ye, Yulin; Liu, Limin; Kang, Guangbo; Cao, Xiaocang (2022). Evolutionary Insights Into Microbiota Transplantation in Inflammatory Bowel Disease. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. Т. 12. doi:10.3389/fcimb.2022.916543. ISSN 2235-2988. PMC 9257068. PMID 35811664. Процитовано 20 грудня 2023.
94. Yang, Ruixue; Chen, Zhenzhen; Cai, Jun (1 грудня 2023). Fecal microbiota transplantation: Emerging applications in autoimmune diseases. Journal of Autoimmunity. Т. 141. с. 103038. doi:10.1016/j.jaut.2023.103038. ISSN 0896-8411. Процитовано 20 грудня 2023.
95. Quaranta, Gianluca; Guarnaccia, Alessandra; Fancello, Giovanni; Agrillo, Chiara; Iannarelli, Federica; Sanguinetti, Maurizio; Masucci, Luca (2022-12). Fecal Microbiota Transplantation and Other Gut Microbiota Manipulation Strategies. Microorganisms (англ.). Т. 10, № 12. с. 2424. doi:10.3390/microorganisms10122424. ISSN 2076-2607. PMC 9781458. PMID 36557677. Процитовано 20 грудня 2023.
96. Gebrayel, Prisca; Nicco, Carole; Al Khodor, Souhaila; Bilinski, Jaroslaw; Caselli, Elisabetta; Comelli, Elena M.; Egert, Markus; Giaroni, Cristina; Karpinski, Tomasz M. (7 березня 2022). Microbiota medicine: towards clinical revolution. Journal of Translational Medicine. Т. 20, № 1. с. 111. doi:10.1186/s12967-022-03296-9. ISSN 1479-5876. PMC 8900094. PMID 35255932. Процитовано 20 грудня 2023.
97. Fekete, Emily Ef; Figeys, Daniel; Zhang, Xu (31 грудня 2023). Microbiota-directed biotherapeutics: considerations for quality and functional assessment. Gut Microbes (англ.). Т. 15, № 1. doi:10.1080/19490976.2023.2186671. ISSN 1949-0976. PMC 10012963. PMID 36896938. Процитовано 20 грудня 2023.
98. McDonagh, Francesca; Cormican, Martin; Morris, Dearbháile; Burke, Liam; Singh, Nitin Kumar; Venkateswaran, Kasthuri; Miliotis, Georgios (2023-07). Medical Astro-Microbiology: Current Role and Future Challenges. Journal of the Indian Institute of Science (англ.). Т. 103, № 3. с. 771—796. doi:10.1007/s41745-023-00360-1. ISSN 0970-4140. PMC 10082442. PMID 37362850. Процитовано 20 грудня 2023.
99. Be, Nicholas A.; Avila-Herrera, Aram; Allen, Jonathan E.; Singh, Nitin; Checinska Sielaff, Aleksandra; Jaing, Crystal; Venkateswaran, Kasthuri (2017-12). Whole metagenome profiles of particulates collected from the International Space Station. Microbiome (англ.). Т. 5, № 1. doi:10.1186/s40168-017-0292-4. ISSN 2049-2618. PMC 5514531. PMID 28716113. Процитовано 20 грудня 2023.
100. Schwendner, Petra; Mahnert, Alexander; Koskinen, Kaisa; Moissl-Eichinger, Christine; Barczyk, Simon; Wirth, Reinhard; Berg, Gabriele; Rettberg, Petra (2017-12). Preparing for the crewed Mars journey: microbiota dynamics in the confined Mars500 habitat during simulated Mars flight and landing. Microbiome (англ.). Т. 5, № 1. doi:10.1186/s40168-017-0345-8. ISSN 2049-2618. PMC 5627443. PMID 28974259. Процитовано 20 грудня 2023.
101. Mora, Maximilian; Wink, Lisa; Kögler, Ines; Mahnert, Alexander; Rettberg, Petra; Schwendner, Petra; Demets, René; Cockell, Charles; Alekhova, Tatiana (5 вересня 2019). Space Station conditions are selective but do not alter microbial characteristics relevant to human health. Nature Communications (англ.). Т. 10, № 1. с. 3990. doi:10.1038/s41467-019-11682-z. ISSN 2041-1723. Процитовано 20 грудня 2023.
102. Malli Mohan, Ganesh Babu; Parker, Ceth W.; Urbaniak, Camilla; Singh, Nitin K.; Hood, Anthony; Minich, Jeremiah J.; Knight, Rob; Rucker, Michelle; Venkateswaran, Kasthuri (25 серпня 2020). Sangwan, Naseer (ред.). Microbiome and Metagenome Analyses of a Closed Habitat during Human Occupation. mSystems (англ.). Т. 5, № 4. doi:10.1128/mSystems.00367-20. ISSN 2379-5077. PMC 7394354. PMID 32723791. Процитовано 20 грудня 2023.
103. Mhatre, Snehit; Wood, Jason M.; Sielaff, Aleksandra Checinska; Mora, Maximilian; Duller, Stefanie; Singh, Nitin Kumar; Karouia, Fathi; Moissl-Eichinger, Christine; Venkateswaran, Kasthuri (2020). Assessing the Risk of Transfer of Microorganisms at the International Space Station Due to Cargo Delivery by Commercial Resupply Vehicles. Frontiers in Microbiology. Т. 11. doi:10.3389/fmicb.2020.566412. ISSN 1664-302X. PMC 7677455. PMID 33240227. Процитовано 20 грудня 2023.
104. Mahnert, Alexander; Verseux, Cyprien; Schwendner, Petra; Koskinen, Kaisa; Kumpitsch, Christina; Blohs, Marcus; Wink, Lisa; Brunner, Daniela; Goessler, Theodora (24 січня 2021). Microbiome dynamics during the HI-SEAS IV mission, and implications for future crewed missions beyond Earth. Microbiome. Т. 9, № 1. с. 27. doi:10.1186/s40168-020-00959-x. ISSN 2049-2618. PMC 7831191. PMID 33487169. Процитовано 20 грудня 2023.
105. Doré, Joel; Ortega Ugalde, Sandra (2023). Human-microbes symbiosis in health and disease, on earth and beyond planetary boundaries. Frontiers in Astronomy and Space Sciences. Т. 10. doi:10.3389/fspas.2023.1180522. ISSN 2296-987X. Процитовано 20 грудня 2023.