Йован був наймолодшим сином Стефана Бранковича, сербського деспота у вигнанні, та його дружини Ангеліни Аріанітес. Народився близько 1465 року, коли резиденцією їхніх батьків було місто Вармо в Італії (регіон Фріулі). Батько Йована помер 1476 року. 1479 року імператор Священної Римської імперії Фрідріх III дав Бранковичам замок Вайтенсфельд у Каринтії, тож родина переїхала туди[5].
Вук Бранкович, титулярний деспот Сербії та двоюрідний брат Йована, помер 1485 року, не залишивши прямих спадкоємців. Його володіння в Угорщині залишилися без правителя, тож королю Матяшу Корвіну довелося шукати претендентів на сербський деспотський трон. Він запросив Йована та його старшого брата Джордже до Сербії, оскільки вони залишилися єдиними представниками династії Бранковичів чоловічої статі[6][7].
1486 року вони приїхали до Угорщини, де Джордже отримав від короля Матяша титул деспота Сербії та володіння в Сремі. З 1493 року Джодже та Йован були деспотами вдвох.
1497 року Джордже зрікся всіх своїх титулів та володінь на користь Йована й постригся в ченці під ім'ям Максим. Згодом брати збудували монастир Крушедол на горі Фрушка гора[8].
За часів свого правління Йован мав наміри завдати поразки османам та вигнати їх зі своїх володінь. Він мав успіх у кількох військових кампаніях у Боснії, зокрема біля міста Зворник. Також Йован планував залучити до боротьби проти турків Венеційську республіку, однак ці наміри після смерті деспота були зведені нанівець.
Йован Бранкович помер у грудні 1502 року.
Канонізація
Родина Бранковичів була віддана православній вірі[9][10]. Святий культ Йована почали справляти в першій половині XVI століття; мощі його та решти членів родини були перепоховані у вівтарі монастиря Крушедол, який звели Йован та Джордже Бранковичі[11].
Після смерті Йована угорський король Владислав II видав Єлену Якшич за шляхтича Іваніша Бериславича, який став деспотом[14]. Враховуючи дати народження деяких дітей Єлени, деякі дослідники припускають, що вони могли бути не від її шлюбу з Йованом Бранковичем, а від шлюбу з Бериславичем[15].
Isailović, Neven G.; Krstić, Aleksandar R. Serbian Language and Cyrillic Script as a Means of Diplomatic Literacy in South Eastern Europe in 15th and 16th Centuries // Literacy Experiences concerning Medieval and Early Modern Transylvania. — Cluj-Napoca : George Bariţiu Institute of History, 2015. — P. 185–195.(англ.)